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タイトルLineage-specific pathogenicity, immune evasion, and virological features of SARS-CoV-2 BA.2.86/JN.1 and EG.5.1/HK.3.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 15, Issue 1, Page 8728, Year 2024
掲載日2024年10月9日
著者Yuanchen Liu / Xiaoyu Zhao / Jialu Shi / Yajie Wang / Huan Liu / Ye-Fan Hu / Bingjie Hu / Huiping Shuai / Terrence Tsz-Tai Yuen / Yue Chai / Feifei Liu / Hua-Rui Gong / Jiayan Li / Xun Wang / Shujun Jiang / Xiang Zhang / Yanliang Zhang / Xiangnan Li / Lei Wang / Madeline Hartnoll / Tianrenzheng Zhu / Yuxin Hou / Xiner Huang / Chaemin Yoon / Yang Wang / Yixin He / Minmin Zhou / Lianzhao Du / Xiaojuan Zhang / Wan-Mui Chan / Lin-Lei Chen / Jian-Piao Cai / Shuofeng Yuan / Jie Zhou / Jian-Dong Huang / Kwok-Yung Yuen / Kelvin Kai-Wang To / Jasper Fuk-Woo Chan / Bao-Zhong Zhang / Lei Sun / Pengfei Wang / Hin Chu /
PubMed 要旨SARS-CoV-2 JN.1 with an additional L455S mutation on spike when compared with its parental variant BA.2.86 has outcompeted all earlier variants to become the dominant circulating variant. Recent ...SARS-CoV-2 JN.1 with an additional L455S mutation on spike when compared with its parental variant BA.2.86 has outcompeted all earlier variants to become the dominant circulating variant. Recent studies investigated the immune resistance of SARS-CoV-2 JN.1 but additional factors are speculated to contribute to its global dominance, which remain elusive until today. Here, we find that SARS-CoV-2 JN.1 has a higher infectivity than BA.2.86 in differentiated primary human nasal epithelial cells (hNECs). Mechanistically, we demonstrate that the gained infectivity of SARS-CoV-2 JN.1 over BA.2.86 associates with increased entry efficiency conferred by L455S and better spike cleavage in hNECs. Structurally, S455 altered the mode of binding of JN.1 spike protein to ACE2 when compared to BA.2.86 spike at ACE2, and modified the internal structure of JN.1 spike protein by increasing the number of hydrogen bonds with neighboring residues. These findings indicate that a single mutation (L455S) enhances virus entry in hNECs and increases immune evasiveness, which contribute to the robust transmissibility of SARS-CoV-2 JN.1. We further evaluate the in vitro and in vivo virological characteristics between SARS-CoV-2 BA.2.86/JN.1 and EG.5.1/HK.3, and identify key lineage-specific features of the two Omicron sublineages that contribute to our understanding on Omicron antigenicity, transmissibility, and pathogenicity.
リンクNat Commun / PubMed:39379369 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.7 - 3.29 Å
構造データ

39688

8yzb

EMDB-39688, PDB-8yzb:
BA.2.86 RBD protein in complex with ACE2.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.29 Å

39689

8yzc

EMDB-39689, PDB-8yzc:
Structure of BA.2.86 spike protein in complex with ACE2.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.7 Å

39690

8yzd

EMDB-39690, PDB-8yzd:
Structure of JN.1 RBD protein in complex with ACE2.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.07 Å

39691

8yze

EMDB-39691, PDB-8yze:
The JN.1 spike protein (S) in complex with ACE2.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.06 Å

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • synthetic construct (人工物)
  • severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
  • enterobacteria phage t4 (ファージ)
  • tequatrovirus t4 (ウイルス)
キーワードVIRAL PROTEIN / ACE2

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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