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Structure paper

タイトルDynamics of the mammalian pyruvate dehydrogenase complex revealed by in-situ structural analysis.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 16, Issue 1, Page 917, Year 2025
掲載日2025年1月22日
著者Chen Wang / Cheng Ma / Yuanyou Xu / Shenghai Chang / Hangjun Wu / Chunlan Yan / Jinghua Chen / Yongping Wu / Shaoya An / Jiaqi Xu / Qin Han / Yujie Jiang / Zhinong Jiang / Xiakun Chu / Haichun Gao / Xing Zhang / Yunjie Chang /
PubMed 要旨The multi-enzyme pyruvate dehydrogenase complex (PDHc) links glycolysis to the citric acid cycle and plays vital roles in metabolism, energy production, and cellular signaling. Although all ...The multi-enzyme pyruvate dehydrogenase complex (PDHc) links glycolysis to the citric acid cycle and plays vital roles in metabolism, energy production, and cellular signaling. Although all components have been individually characterized, the intact PDHc structure remains unclear, hampering our understanding of its composition and dynamical catalytic mechanisms. Here, we report the in-situ architecture of intact mammalian PDHc by cryo-electron tomography. The organization of peripheral E1 and E3 components varies substantially among the observed PDHcs, with an average of 21 E1 surrounding each PDHc core, and up to 12 E3 locating primarily along the pentagonal openings. In addition, we observed dynamic interactions of the substrate translocating lipoyl domains (LDs) with both E1 and E2, and the interaction interfaces were further analyzed by molecular dynamics simulations. By revealing intrinsic dynamics of PDHc peripheral compositions, our findings indicate a distinctive activity regulation mechanism, through which the number of E1, E3 and functional LDs may be coordinated to meet constantly changing demands of metabolism.
リンクNat Commun / PubMed:39843418 / PubMed Central
手法EM (サブトモグラム平均) / EM (単粒子)
解像度3.2 - 15.0 Å
構造データ

EMDB-38712: The structure of the core of the pyruvate dehydrogenase complex in the mitochondria of pig hearts.
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 4.3 Å

EMDB-38716: The conformation of E3 with PSBD in E2 components of pyruvate dehydrogenase complex
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 15.0 Å

61080

9j1w

EMDB-61080, PDB-9j1w:
Endogenous dihydrolipoamide acetyltransferase (E2) core of pyruvate dehydrogenase complex from pig heart
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

EMDB-61081: The map of pyruvate dehydrogenase E1 bound to the peripheral subunit binding domain of E2
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 8.7 Å

EMDB-61082: The map of pyruvate dehydrogenase E1 bound to the peripheral subunit binding domain and lipoyl domain of E2
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 8.2 Å

EMDB-61083: The trimer of the pyruvate dehydrogenase complex core
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 6.2 Å

EMDB-61084: The conformation of lipoy domain binding the core of the pyruvate dehydrogenase complex.
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 6.9 Å

由来
  • sus scrofa (ブタ)
キーワードTRANSFERASE / pyruvate dehydrogenase complex / dihydrolipoamide acetyltransferase / endogenous / STRUCTURAL PROTEIN

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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