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タイトルMolecular basis of host recognition of human coronavirus 229E.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 16, Issue 1, Page 2045, Year 2025
掲載日2025年2月27日
著者Yu-Xi Tsai / Yu-Chun Chien / Min-Feng Hsu / Kay-Hooi Khoo / Shang-Te Danny Hsu /
PubMed 要旨Human coronavirus 229E (HCoV-229E) is the earliest CoV found to infect humans. It binds to the human aminopeptidase N (hAPN) through the receptor binding domain (RBD) of its spike (S) protein to ...Human coronavirus 229E (HCoV-229E) is the earliest CoV found to infect humans. It binds to the human aminopeptidase N (hAPN) through the receptor binding domain (RBD) of its spike (S) protein to achieve host recognition. We present the cryo-electron microscopy structure of two HCoV-229E S protein in complex with a dimeric hAPN to provide structural insights on how the HCoV-229E S protein opens up its RBD to engage with its host receptor, information that is currently missing among alphacoronaviruses to which HCoV-229E belong. We quantitatively profile the glycosylation of HCoV-229E S protein and hAPN to deduce the glyco-shielding effects pertinent to antigenicity and host recognition. Finally, we present an atomic model of fully glycosylated HCoV-229E S in complex with hAPN anchored on their respective membrane bilayers to recapitulate the structural basis of the first step of host infection by HCoV-229E.
リンクNat Commun / PubMed:40016196 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.23 - 4.37 Å
構造データ

37462

8wde

EMDB-37462, PDB-8wde:
CryoEM structure of the spike protein of human CoV 229E in complex with receptor hAPN (composite map)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

EMDB-38816: Local refinement of receptor binding domain and hinge region of single S protein
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.23 Å

EMDB-38817: Local refinement of monomeric hAPN
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.73 Å

EMDB-38818: Local refinement of dimeric hAPN and the receptor binding domain as well as the hinge region of single S protein
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.61 Å

EMDB-38819: Local refinement of monomeric hAPN and receptor binding domain of single S protein
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.57 Å

EMDB-38820: Local refinement of single HCoV-229E S protein
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.39 Å

EMDB-38821: Local refinement of monomeric hAPN and single HCoV-229E S protein
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.71 Å

EMDB-38822: CryoEM structure of the spike protein of human CoV 229E in complex with receptor hAPN
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.37 Å

化合物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

由来
  • human coronavirus 229e (ヒトコロナウイルス 229E)
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードVIRAL PROTEIN / human aminopeptidase N

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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