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Structure paper

タイトルStructures and dynamics of Rpd3S complex bound to nucleosome.
ジャーナル・号・ページSci Adv, Vol. 10, Issue 15, Page eadk7678, Year 2024
掲載日2024年4月12日
著者Chengcheng Wang / Chen Chu / Zhouyan Guo / Xiechao Zhan /
PubMed 要旨The Rpd3S complex plays a pivotal role in facilitating local histone deacetylation in the transcribed regions to suppress intragenic transcription initiation. Here, we present the cryo-electron ...The Rpd3S complex plays a pivotal role in facilitating local histone deacetylation in the transcribed regions to suppress intragenic transcription initiation. Here, we present the cryo-electron microscopy structures of the budding yeast Rpd3S complex in both its apo and three nucleosome-bound states at atomic resolutions, revealing the exquisite architecture of Rpd3S to well accommodate a mononucleosome without linker DNA. The Rpd3S core, containing a Sin3 Lobe and two NB modules, is a rigid complex and provides three positive-charged anchors (Sin3_HCR and two Rco1_NIDs) to connect nucleosomal DNA. In three nucleosome-bound states, the Rpd3S core exhibits three distinct orientations relative to the nucleosome, assisting the sector-shaped deacetylase Rpd3 to locate above the SHL5-6, SHL0-1, or SHL2-3, respectively. Our work provides a structural framework that reveals a dynamic working model for the Rpd3S complex to engage diverse deacetylation sites.
リンクSci Adv / PubMed:38598631 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.9 - 4.4 Å
構造データ

37364

8w9c

EMDB-37364, PDB-8w9c:
Cryo-EM structure of the Rpd3S complex from budding yeast
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

37365

8w9d

EMDB-37365, PDB-8w9d:
Cryo-EM structure of the Rpd3S-nucleosome complex from budding yeast in State 1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.9 Å

37366

8w9e

EMDB-37366, PDB-8w9e:
Cryo-EM structure of the Rpd3S-nucleosome complex from budding yeast in State 2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

37367

8w9f

EMDB-37367, PDB-8w9f:
Cryo-EM structure of the Rpd3S-nucleosome complex from budding yeast in State 3
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.4 Å

EMDB-37368: Cryo-EM map of the Rpd3S region of Rpd3S-nucleosome complex in State1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

EMDB-37369: Cryo-EM map of the nucleosome region of Rpd3S-nucleosome complex in State 1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

EMDB-37370: Cryo-EM map of the Rpd3S region of Rpd3S-Nulceosome complex in State 2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

EMDB-37371: Cryo-EM map of the nucleosome region of Rpd3S-nucleosome complex in State 2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

EMDB-37372: Cryo-EM map of the Rpd3S region of Rpd3S-nucleosome complex in State 3
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.9 Å

EMDB-37373: Cryo-EM map of the nucleosome region of Rpd3S-nucleosome complex in State 3
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

化合物

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-K:
Unknown entry / カリウムカチオン

由来
  • saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードDNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / Rpd3S / HDAC (ヒストン脱アセチル化酵素) / Sin3 / Rpd3 / DNA BINDING PROTEIN/DNA / DNA BINDING PROTEIN-DNA COMPLEX

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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