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タイトルCharacterization of the enhanced infectivity and antibody evasion of Omicron BA.2.75.
ジャーナル・号・ページCell Host Microbe, Vol. 30, Issue 11, Page 1527-11539.e5, Year 2022
掲載日2022年11月9日
著者Yunlong Cao / Weiliang Song / Lei Wang / Pan Liu / Can Yue / Fanchong Jian / Yuanling Yu / Ayijiang Yisimayi / Peng Wang / Yao Wang / Qianhui Zhu / Jie Deng / Wangjun Fu / Lingling Yu / Na Zhang / Jing Wang / Tianhe Xiao / Ran An / Jing Wang / Lu Liu / Sijie Yang / Xiao Niu / Qingqing Gu / Fei Shao / Xiaohua Hao / Bo Meng / Ravindra Kumar Gupta / Ronghua Jin / Youchun Wang / Xiaoliang Sunney Xie / Xiangxi Wang /
PubMed 要旨Recently emerged SARS-CoV-2 Omicron subvariant, BA.2.75, displayed a growth advantage over circulating BA.2.38, BA.2.76, and BA.5 in India. However, the underlying mechanisms for enhanced ...Recently emerged SARS-CoV-2 Omicron subvariant, BA.2.75, displayed a growth advantage over circulating BA.2.38, BA.2.76, and BA.5 in India. However, the underlying mechanisms for enhanced infectivity, especially compared with BA.5, remain unclear. Here, we show that BA.2.75 exhibits substantially higher affinity for host receptor angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2) than BA.5 and other variants. Structural analyses of BA.2.75 spike shows its decreased thermostability and increased frequency of the receptor binding domain (RBD) in the "up" conformation under acidic conditions, suggesting enhanced low-pH-endosomal cell entry. Relative to BA.4/BA.5, BA.2.75 exhibits reduced evasion of humoral immunity from BA.1/BA.2 breakthrough-infection convalescent plasma but greater evasion of Delta breakthrough-infection convalescent plasma. BA.5 breakthrough-infection plasma also exhibits weaker neutralization against BA.2.75 than BA.5, mainly due to BA.2.75's distinct neutralizing antibody (NAb) escape pattern. Antibody therapeutics Evusheld and Bebtelovimab remain effective against BA.2.75. These results suggest BA.2.75 may prevail after BA.4/BA.5, and its increased receptor-binding capability could support further immune-evasive mutations.
リンクCell Host Microbe / PubMed:36270286 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.19 - 3.98 Å
構造データ

34034

7yqt

EMDB-34034, PDB-7yqt:
SARS-CoV-2 BA.2.75 S Trimer (1 RBD Up)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.45 Å

34035

7yqu

EMDB-34035, PDB-7yqu:
SARS-CoV-2 BA.2.75 S Trimer (3 RBD Down)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.19 Å

34036

7yqv

EMDB-34036, PDB-7yqv:
pH 5.5 SARS-CoV-2 BA.2.75 S Trimer (1 RBD Up)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.58 Å

34037

7yqw

EMDB-34037, PDB-7yqw:
SARS-CoV-2 BA.2.75 S Trimer (3 RBD Down)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.51 Å

34038

7yqx

EMDB-34038, PDB-7yqx:
SARS-CoV-2 BA.2.75 S Trimer in complex with S309 (state1)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.72 Å

34039

7yqy

EMDB-34039, PDB-7yqy:
SARS-CoV-2 BA.2.75 S Trimer in complex with S309 (state2)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.74 Å

34040

7yqz

EMDB-34040, PDB-7yqz:
SARS-CoV-2 BA.2.75 S Trimer in complex with S309 (state3)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.84 Å

34041

7yr0

EMDB-34041, PDB-7yr0:
SARS-CoV-2 BA.2.75 S Trimer in complex with S309 (interface)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.98 Å

34042

7yr1

EMDB-34042, PDB-7yr1:
SARS-CoV-2 BA.2.75 S Trimer in complex with XG2v024
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.62 Å

34043

7yr2

EMDB-34043, PDB-7yr2:
SARS-CoV-2 BA.2.75 S Trimer in complex with ACE2(state1)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

34044

7yr3

EMDB-34044, PDB-7yr3:
SARS-CoV-2 BA.2.75 S Trimer in complex with ACE2(state2)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.52 Å

化合物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-CL:
Unknown entry / クロリド / 塩化物

ChemComp-HOH:
WATER / 水

由来
  • severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードVIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / spike / STRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) / SARS-CoV-2 (SARSコロナウイルス2) / BA.2.75 (SARSコロナウイルス2-オミクロン株) / pH5.5 / S309 / VIRALPROTEIN

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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