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タイトルLigand recognition and allosteric modulation of the human MRGPRX1 receptor.
ジャーナル・号・ページNat Chem Biol, Vol. 19, Issue 4, Page 416-422, Year 2023
掲載日2022年10月27日
著者Yongfeng Liu / Can Cao / Xi-Ping Huang / Ryan H Gumpper / Moira M Rachman / Sheng-Luen Shih / Brian E Krumm / Shicheng Zhang / Brian K Shoichet / Jonathan F Fay / Bryan L Roth /
PubMed 要旨The human MAS-related G protein-coupled receptor X1 (MRGPRX1) is preferentially expressed in the small-diameter primary sensory neurons and involved in the mediation of nociception and pruritus. ...The human MAS-related G protein-coupled receptor X1 (MRGPRX1) is preferentially expressed in the small-diameter primary sensory neurons and involved in the mediation of nociception and pruritus. Central activation of MRGPRX1 by the endogenous opioid peptide fragment BAM8-22 and its positive allosteric modulator ML382 has been shown to effectively inhibit persistent pain, making MRGPRX1 a promising target for non-opioid pain treatment. However, the activation mechanism of MRGPRX1 is still largely unknown. Here we report three high-resolution cryogenic electron microscopy structures of MRGPRX1-Gαq in complex with BAM8-22 alone, with BAM8-22 and ML382 simultaneously as well as with a synthetic agonist compound-16. These structures reveal the agonist binding mode for MRGPRX1 and illuminate the structural requirements for positive allosteric modulation. Collectively, our findings provide a molecular understanding of the activation and allosteric modulation of the MRGPRX1 receptor, which could facilitate the structure-based design of non-opioid pain-relieving drugs.
リンクNat Chem Biol / PubMed:36302898
手法EM (単粒子)
解像度2.71 - 3.25 Å
構造データ

EMDB-27752, PDB-8dwc:
CryoEM structure of Gq-coupled MRGPRX1 with peptide agonist BAM8-22
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.87 Å

EMDB-27753, PDB-8dwg:
CryoEM structure of Gq-coupled MRGPRX1 with peptide ligand BAM8-22 and positive allosteric modulator ML382
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.71 Å

EMDB-27754, PDB-8dwh:
CryoEM structure of Gq-coupled MRGPRX1 with ligand Compound-16
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.25 Å

化合物

ChemComp-U39:
2-[(cyclopropanesulfonyl)amino]-N-(2-ethoxyphenyl)benzamide

ChemComp-U2U:
N-{2-[(1-aminoisoquinolin-6-yl)oxy]-4-methylphenyl}-2-methoxybenzene-1-sulfonamide

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • bos taurus (ウシ)
  • mus musculus (ハツカネズミ)
キーワードSIGNALING PROTEIN / GPCR (Gタンパク質共役受容体)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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