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Structure paper

タイトルEnergetic robustness to large scale structural fluctuations in a photosynthetic supercomplex.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 14, Issue 1, Page 4650, Year 2023
掲載日2023年8月2日
著者Dvir Harris / Hila Toporik / Gabriela S Schlau-Cohen / Yuval Mazor /
PubMed 要旨Photosynthetic organisms transport and convert solar energy with near-unity quantum efficiency using large protein supercomplexes held in flexible membranes. The individual proteins position ...Photosynthetic organisms transport and convert solar energy with near-unity quantum efficiency using large protein supercomplexes held in flexible membranes. The individual proteins position chlorophylls to tight tolerances considered critical for fast and efficient energy transfer. The variability in protein organization within the supercomplexes, and how efficiency is maintained despite variability, had been unresolved. Here, we report on structural heterogeneity in the 2-MDa cyanobacterial PSI-IsiA photosynthetic supercomplex observed using Cryo-EM, revealing large-scale variances in the positions of IsiA relative to PSI. Single-molecule measurements found efficient IsiA-to-PSI energy transfer across all conformations, along with signatures of transiently decoupled IsiA. Structure based calculations showed that rapid IsiA-to-PSI energy transfer is always maintained, and even increases by three-fold in rare conformations via IsiA-specific chls. We postulate that antennae design mitigates structural fluctuations, providing a mechanism for robust energy transfer in the flexible membrane.
リンクNat Commun / PubMed:37532717 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.6 Å
構造データ

26601

7umh

EMDB-26601, PDB-7umh:
Energetic robustness to large scale structural dynamics in a photosynthetic supercomplex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.6 Å

化合物

ChemComp-LHG:
1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル / リン脂質*YM

ChemComp-LMG:
1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

ChemComp-CL0:
CHLOROPHYLL A ISOMER

ChemComp-CLA:
CHLOROPHYLL A

ChemComp-PQN:
PHYLLOQUINONE / フィロキノン

ChemComp-SF4:
IRON/SULFUR CLUSTER

ChemComp-BCR:
BETA-CAROTENE / β-カロチン

ChemComp-LMT:
DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド / 可溶化剤*YM

ChemComp-ECH:
beta,beta-caroten-4-one / エキネノン

ChemComp-CA:
Unknown entry / カルシウムジカチオン

ChemComp-LMU:
DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE / 可溶化剤*YM

ChemComp-LUT:
(3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL

ChemComp-HOH:
WATER

由来
  • synechocystis sp. pcc 6803 (バクテリア)
キーワードPHOTOSYNTHESIS / photosystem I / antenna / cyanobacteria / membrane complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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