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タイトルA self-supervised workflow for particle picking in cryo-EM.
ジャーナル・号・ページIUCrJ, Vol. 7, Issue Pt 4, Page 719-727, Year 2020
掲載日2020年7月1日
著者Donal M McSweeney / Sean M McSweeney / Qun Liu /
PubMed 要旨High-resolution single-particle cryo-EM data analysis relies on accurate particle picking. To facilitate the particle picking process, a self-supervised workflow has been developed. This includes an ...High-resolution single-particle cryo-EM data analysis relies on accurate particle picking. To facilitate the particle picking process, a self-supervised workflow has been developed. This includes an iterative strategy, which uses a 2D class average to improve training particles, and a progressively improved convolutional neural network for particle picking. To automate the selection of particles, a threshold is defined (%/Res) using the ratio of percentage class distribution and resolution as a cutoff. This workflow has been tested using six publicly available data sets with different particle sizes and shapes, and can automatically pick particles with minimal user input. The picked particles support high-resolution reconstructions at 3.0 Å or better. This workflow is a step towards automated single-particle cryo-EM data analysis at the stage of particle picking. It may be used in conjunction with commonly used single-particle analysis packages such as , , , and .
リンクIUCrJ / PubMed:32695418 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.4 - 3.0 Å
構造データ

EMDB-22025:
Reprocessing of EMPIAR-10204 data (beta-galactosidase) with particles picked by Kpicker
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.66 Å

EMDB-22026:
Reprocessing of EMPIAR-10218 data (20S proteasome) with particles picked by Kpicker
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.4 Å

EMDB-22027:
Reprocessing of EMPIAR-10184 data (aldolase) with particles picked by Kpicker
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.45 Å

EMDB-22028:
Reprocessing of EMPIAR-10059 data (TRPV1 in complex with DkTx and RTX) with particles picked by Kpicker
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

EMDB-22029:
Reprocessing of EMPIAR-10028 data (80S ribosome) with particles picked by Kpicker
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.85 Å

EMDB-22030:
Reprocessing of EMPIAR-10335 data (streptavidin) with particles picked by Kpicker
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.69 Å

由来
  • Escherichia coli (大腸菌)
  • Thermoplasma acidophilum (好酸性)
  • Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
  • Rattus norvegicus (ドブネズミ)
  • Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
  • Streptomyces avidinii (バクテリア)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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