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タイトルStepwise assembly and release of Tc toxins from Yersinia entomophaga.
ジャーナル・号・ページNat Microbiol, Vol. 9, Issue 2, Page 405-420, Year 2024
掲載日2024年2月5日
著者Miki Feldmüller / Charles F Ericson / Pavel Afanasyev / Yun-Wei Lien / Gregor L Weiss / Florian Wollweber / Marion Schoof / Mark Hurst / Martin Pilhofer /
PubMed 要旨Tc toxins are virulence factors of bacterial pathogens. Although their structure and intoxication mechanism are well understood, it remains elusive where this large macromolecular complex is ...Tc toxins are virulence factors of bacterial pathogens. Although their structure and intoxication mechanism are well understood, it remains elusive where this large macromolecular complex is assembled and how it is released. Here we show by an integrative multiscale imaging approach that Yersinia entomophaga Tc (YenTc) toxin components are expressed only in a subpopulation of cells that are 'primed' with several other potential virulence factors, including filaments of the protease M66/StcE. A phage-like lysis cassette is required for YenTc release; however, before resulting in complete cell lysis, the lysis cassette generates intermediate 'ghost' cells, which may serve as assembly compartments and become packed with assembled YenTc holotoxins. We hypothesize that this stepwise mechanism evolved to minimize the number of cells that need to be killed. The occurrence of similar lysis cassettes in diverse organisms indicates a conserved mechanism for Tc toxin release that may apply to other extracellular macromolecular machines.
リンクNat Microbiol / PubMed:38316932 / PubMed Central
手法EM (トモグラフィー) / EM (サブトモグラム平均)
解像度9.89 - 31.1 Å
構造データ

EMDB-18953: Cryo-electron tomogram of Yersinia entomophaga chi2-sfGFP cells
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-18954: Cryo-electron tomogram of Yersinia entomophaga chi2-sfGFP cells
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-18955: Cryo-electron tomogram of Yersinia entomophaga chi2-sfGFP cells
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-18957: Cryo-electron tomogram of Yersinia entomophaga MH96 cells
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-18958: Cryo-electron tomogram of Yersinia entomophaga MH96 cells
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-18960: Cryo-electron tomogram of Yersinia entomophaga delta LC cells
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-18961: Cryo-electron tomogram of mechanically cryo-milled Yersinia entomophaga delta LC cells
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-18962: Cryo-electron tomogram of a lysate preparation of Yersinia entomophaga delta LC cells
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-18970: Subtomogram average of M66 filaments in Yersinia entomophaga cells
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 9.89 Å

EMDB-18971: Subtomogram average of YenTc-Chi2-sfGFP from Yersinia entomophaga chi2-sfGFP
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 29.6 Å

EMDB-18972: Subtomogram average of YenTc from Yersinia entomophaga MH96
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 31.1 Å

EMDB-19370: Cryo-electron tomogram of Yersinia entomophaga delta YenTc cells
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-19371: Cryo-electron tomogram of Yersinia entomophaga delta YenTc cells
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-19372: Cryo-electron tomogram of Yersinia entomophaga delta YenTc cells
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-19373: Cryo-electron tomogram of Yersinia entomophaga delta YenTc cells
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-19374: Cryo-electron tomogram of Yersinia entomophaga chi2-sfGFP cells
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-19375: Cryo-electron tomogram of Yersinia entomophaga chi2-sfGFP cells
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-19376: Cryo-electron tomogram of Yersinia entomophaga delta LC delta YenTc cells
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-19377: Cryo-electron tomogram of Yersinia entomophaga MH96 cells grown at 37 degrees
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-19378: Cryo-electron tomogram of Yersinia entomophaga delta LC cells grown at 37 degrees
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-19379: Cryo-electron tomogram of Yersinia entomophaga delta LC delta M66 cells
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-19380: Cryo-electron tomogram of Yersinia entomophaga delta LC delta M66 cells
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-19381: Cryo-electron tomogram of a lysate preparation of Yersinia entomophaga delta LC delta M66 cells
手法: EM (トモグラフィー)

由来
  • Yersinia entomophaga (バクテリア)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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