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タイトルCryo-EM structures of Aβ40 filaments from the leptomeninges of individuals with Alzheimer's disease and cerebral amyloid angiopathy.
ジャーナル・号・ページActa Neuropathol Commun, Vol. 11, Issue 1, Page 191, Year 2023
掲載日2023年12月4日
著者Yang Yang / Alexey G Murzin / Sew Peak-Chew / Catarina Franco / Holly J Garringer / Kathy L Newell / Bernardino Ghetti / Michel Goedert / Sjors H W Scheres /
PubMed 要旨We used electron cryo-microscopy (cryo-EM) to determine the structures of Aβ40 filaments from the leptomeninges of individuals with Alzheimer's disease and cerebral amyloid angiopathy. In agreement ...We used electron cryo-microscopy (cryo-EM) to determine the structures of Aβ40 filaments from the leptomeninges of individuals with Alzheimer's disease and cerebral amyloid angiopathy. In agreement with previously reported structures, which were solved to a resolution of 4.4 Å, we found three types of filaments. However, our new structures, solved to a resolution of 2.4 Å, revealed differences in the sequence assignment that redefine the fold of Aβ40 peptides and their interactions. Filaments are made of pairs of protofilaments, the ordered core of which comprises D1-G38. The different filament types comprise one, two or three protofilament pairs. In each pair, residues H14-G37 of both protofilaments adopt an extended conformation and pack against each other in an anti-parallel fashion, held together by hydrophobic interactions and hydrogen bonds between main chains and side chains. Residues D1-H13 fold back on the adjacent parts of their own chains through both polar and non-polar interactions. There are also several additional densities of unknown identity. Sarkosyl extraction and aqueous extraction gave the same structures. By cryo-EM, parenchymal deposits of Aβ42 and blood vessel deposits of Aβ40 have distinct structures, supporting the view that Alzheimer's disease and cerebral amyloid angiopathy are different Aβ proteinopathies.
リンクActa Neuropathol Commun / PubMed:38049918 / PubMed Central
手法EM (らせん対称)
解像度2.4 - 2.7 Å
構造データ

18508

8qn6

EMDB-18508: Amyloid-beta 40 quadruplet filament from the leptomeninges of individuals with Alzheimer's disease and cerebral amyloid angiopathy
PDB-8qn6: Amyloid-beta 40 type 2 filament from the leptomeninges of individual with Alzheimer's disease and cerebral amyloid angiopathy
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 2.4 Å

18509

8qn7

EMDB-18509: Amyloid-beta 40 doublet filament from the leptomeninges of individuals with Alzheimer's disease and cerebral amyloid angiopathy
PDB-8qn7: Amyloid-beta 40 type 1 filament from the leptomeninges of individual with Alzheimer's disease and cerebral amyloid angiopathy
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 2.7 Å

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードPROTEIN FIBRIL / amyloid-beta (アミロイドβ) / amyloid (アミロイド) / filaments / quadruplet / Abeta40 / human brain (ヒトの脳) / cryo-EM (低温電子顕微鏡法) / Alzheimer's disease (アルツハイマー病) / cerebral amyloid angiopathy

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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