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Structure paper

タイトルThe small CRL4 ubiquitin ligase component DDA1 regulates transcription-coupled repair dynamics.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 15, Issue 1, Page 6374, Year 2024
掲載日2024年7月29日
著者Diana A Llerena Schiffmacher / Shun-Hsiao Lee / Katarzyna W Kliza / Arjan F Theil / Masaki Akita / Angela Helfricht / Karel Bezstarosti / Camila Gonzalo-Hansen / Haico van Attikum / Matty Verlaan-de Vries / Alfred C O Vertegaal / Jan H J Hoeijmakers / Jurgen A Marteijn / Hannes Lans / Jeroen A A Demmers / Michiel Vermeulen / Titia K Sixma / Tomoo Ogi / Wim Vermeulen / Alex Pines /
PubMed 要旨Transcription-blocking DNA lesions are specifically targeted by transcription-coupled nucleotide excision repair (TC-NER), which removes a broad spectrum of DNA lesions to preserve transcriptional ...Transcription-blocking DNA lesions are specifically targeted by transcription-coupled nucleotide excision repair (TC-NER), which removes a broad spectrum of DNA lesions to preserve transcriptional output and thereby cellular homeostasis to counteract aging. TC-NER is initiated by the stalling of RNA polymerase II at DNA lesions, which triggers the assembly of the TC-NER-specific proteins CSA, CSB and UVSSA. CSA, a WD40-repeat containing protein, is the substrate receptor subunit of a cullin-RING ubiquitin ligase complex composed of DDB1, CUL4A/B and RBX1 (CRL4). Although ubiquitination of several TC-NER proteins by CRL4 has been reported, it is still unknown how this complex is regulated. To unravel the dynamic molecular interactions and the regulation of this complex, we apply a single-step protein-complex isolation coupled to mass spectrometry analysis and identified DDA1 as a CSA interacting protein. Cryo-EM analysis shows that DDA1 is an integral component of the CRL4 complex. Functional analysis reveals that DDA1 coordinates ubiquitination dynamics during TC-NER and is required for efficient turnover and progression of this process.
リンクNat Commun / PubMed:39075067 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.4 - 6.98 Å
構造データ

EMDB-18377: Focused map for CSA-DDB1-DDA1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

EMDB-18378: Focused map for CSA-DDB1-DDA1 (map 2)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

EMDB-18380: Focused map for UVSSA(VHS)-CSA-DDB1(BPA/BPC)-DDA1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

18398

8qh5

EMDB-18398, PDB-8qh5:
CryoEM structure of UVSSA(VHS)-CSA-DDB1-DDA1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

EMDB-18413: Consensus map of UVSSA(VHS)-CSA-DDB1-DDA1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.98 Å

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードLIGASE / Ubiquitin ligase / DNA repair

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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