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タイトルInsights into translocation mechanism and ribosome evolution from cryo-EM structures of translocation intermediates of Giardia intestinalis.
ジャーナル・号・ページNucleic Acids Res, Vol. 51, Issue 7, Page 3436-3451, Year 2023
掲載日2023年4月24日
著者Soneya Majumdar / Andrew Emmerich / Sascha Krakovka / Chandra Sekhar Mandava / Staffan G Svärd / Suparna Sanyal /
PubMed 要旨Giardia intestinalis is a protozoan parasite that causes diarrhea in humans. Using single-particle cryo-electron microscopy, we have determined high-resolution structures of six naturally populated ...Giardia intestinalis is a protozoan parasite that causes diarrhea in humans. Using single-particle cryo-electron microscopy, we have determined high-resolution structures of six naturally populated translocation intermediates, from ribosomes isolated directly from actively growing Giardia cells. The highly compact and uniquely GC-rich Giardia ribosomes possess eukaryotic rRNAs and ribosomal proteins, but retain some bacterial features. The translocation intermediates, with naturally bound tRNAs and eukaryotic elongation factor 2 (eEF2), display characteristic ribosomal intersubunit rotation and small subunit's head swiveling-universal for translocation. In addition, we observe the eukaryote-specific 'subunit rolling' dynamics, albeit with limited features. Finally, the eEF2·GDP state features a uniquely positioned 'leaving phosphate (Pi)' that proposes hitherto unknown molecular events of Pi and eEF2 release from the ribosome at the final stage of translocation. In summary, our study elucidates the mechanism of translocation in the protists and illustrates evolution of the translation machinery from bacteria to eukaryotes from both the structural and mechanistic perspectives.
リンクNucleic Acids Res / PubMed:36912103 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.25 - 6.49 Å
構造データ

16211

8br8

EMDB-16211, PDB-8br8:
Giardia ribosome in POST-T state (A1)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.35 Å

16222

8brm

EMDB-16222, PDB-8brm:
Giardia ribosome in POST-T state, no E-site tRNA (A6)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.33 Å

16225

8bsi

EMDB-16225, PDB-8bsi:
Giardia ribosome chimeric hybrid-like GDP+Pi bound state (B1)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

16226

8bsj

EMDB-16226, PDB-8bsj:
Giardia Ribosome in PRE-T Classical State (C)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.49 Å

16228

8btd

EMDB-16228, PDB-8btd:
Giardia Ribosome in PRE-T Hybrid State (D1)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.9 Å

16235

8btr

EMDB-16235, PDB-8btr:
Giardia Ribosome in PRE-T Hybrid State (D2)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.25 Å

化合物

ChemComp-PO4:
PHOSPHATE ION / ホスファ-ト

ChemComp-GDP:
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP / GDP, エネルギー貯蔵分子*YM

由来
  • giardia lamblia atcc 50803 (やつひげはらむし)
  • giardia intestinalis (ランブル鞭毛虫)
キーワードRIBOSOME / Translation / Giardia / Eukaryote / Eukaryotic / Macromolecule / tRNA / EF-2 / Elongation / GDP

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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