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Structure paper

タイトルHigh-resolution structures of the actomyosin-V complex in three nucleotide states provide insights into the force generation mechanism.
ジャーナル・号・ページElife, Vol. 10, Year 2021
掲載日2021年11月23日
著者Sabrina Pospich / H Lee Sweeney / Anne Houdusse / Stefan Raunser /
PubMed 要旨The molecular motor myosin undergoes a series of major structural transitions during its force-producing motor cycle. The underlying mechanism and its coupling to ATP hydrolysis and actin binding are ...The molecular motor myosin undergoes a series of major structural transitions during its force-producing motor cycle. The underlying mechanism and its coupling to ATP hydrolysis and actin binding are only partially understood, mostly due to sparse structural data on actin-bound states of myosin. Here, we report 26 high-resolution cryo-EM structures of the actomyosin-V complex in the strong-ADP, rigor, and a previously unseen post-rigor transition state that binds the ATP analog AppNHp. The structures reveal a high flexibility of myosin in each state and provide valuable insights into the structural transitions of myosin-V upon ADP release and binding of AppNHp, as well as the actomyosin interface. In addition, they show how myosin is able to specifically alter the structure of F-actin.
リンクElife / PubMed:34812732 / PubMed Central
手法EM (らせん対称)
解像度2.9 - 3.7 Å
構造データ

13501

7plt

EMDB-13501, PDB-7plt:
Cryo-EM structure of the actomyosin-V complex in the rigor state (central 1er)
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 3.3 Å

13502

7plu

EMDB-13502, PDB-7plu:
Cryo-EM structure of the actomyosin-V complex in the rigor state (central 3er/2er)
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 3.2 Å

13503

7plv

EMDB-13503, PDB-7plv:
Cryo-EM structure of the actomyosin-V complex in the rigor state (central 1er, class 1)
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 3.5 Å

13504

7plw

EMDB-13504, PDB-7plw:
Cryo-EM structure of the actomyosin-V complex in the rigor state (central 1er, class 2)
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 3.5 Å

13505

7plx

EMDB-13505, PDB-7plx:
Cryo-EM structure of the actomyosin-V complex in the rigor state (central 1er, class 4)
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 3.6 Å

13506

7ply

EMDB-13506, PDB-7ply:
Cryo-EM structure of the actomyosin-V complex in the rigor state (central 1er, young JASP-stabilized F-actin)
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 3.2 Å

13507

7plz

EMDB-13507, PDB-7plz:
Cryo-EM structure of the actomyosin-V complex in the rigor state (central 3er/2er, young JASP-stabilized F-actin)
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 3.2 Å

13508

7pm0

EMDB-13508, PDB-7pm0:
Cryo-EM structure of the actomyosin-V complex in the rigor state (central 1er, young JASP-stabilized F-actin, class 1)
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 3.6 Å

13509

7pm1

EMDB-13509, PDB-7pm1:
Cryo-EM structure of the actomyosin-V complex in the rigor state (central 1er, young JASP-stabilized F-actin, class 2)
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 3.5 Å

13510

7pm2

EMDB-13510, PDB-7pm2:
Cryo-EM structure of the actomyosin-V complex in the rigor state (central 1er, young JASP-stabilized F-actin, class 4)
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 3.6 Å

13511

7pm3

EMDB-13511, PDB-7pm3:
Cryo-EM structure of young JASP-stabilized F-actin (central 3er)
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 3.1 Å

13521

7pm5

EMDB-13521, PDB-7pm5:
Cryo-EM structure of the actomyosin-V complex in the strong-ADP state (central 1er)
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 3.1 Å

13522

7pm6

EMDB-13522, PDB-7pm6:
Cryo-EM structure of the actomyosin-V complex in the strong-ADP state (central 3er/2er)
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 3.0 Å

13523

7pm7

EMDB-13523, PDB-7pm7:
Cryo-EM structure of the actomyosin-V complex in the strong-ADP state (central 1er, class 2)
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 3.5 Å

13524

7pm8

EMDB-13524, PDB-7pm8:
Cryo-EM structure of the actomyosin-V complex in the strong-ADP state (central 1er, class 3)
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 3.5 Å

13525

7pm9

EMDB-13525, PDB-7pm9:
Cryo-EM structure of the actomyosin-V complex in the strong-ADP state (central 1er, class 4)
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 3.7 Å

13526

7pma

EMDB-13526, PDB-7pma:
Cryo-EM structure of the actomyosin-V complex in the strong-ADP state (central 1er, class 5)
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 3.6 Å

13527

7pmb

EMDB-13527, PDB-7pmb:
Cryo-EM structure of the actomyosin-V complex in the strong-ADP state (central 1er, class 6)
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 3.6 Å

13528

7pmc

EMDB-13528, PDB-7pmc:
Cryo-EM structure of the actomyosin-V complex in the strong-ADP state (central 1er, class 7)
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 3.7 Å

13529

7pmd

EMDB-13529, PDB-7pmd:
Cryo-EM structure of the actomyosin-V complex in the post-rigor transition state (AppNHp, central 1er)
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 2.9 Å

13530

7pme

EMDB-13530, PDB-7pme:
Cryo-EM structure of the actomyosin-V complex in the post-rigor transition state (AppNHp, central 3er/2er)
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 2.9 Å

13531

7pmf

EMDB-13531, PDB-7pmf:
Cryo-EM structure of the actomyosin-V complex in the post-rigor transition state (AppNHp, central 1er, class 1)
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 3.4 Å

13532

7pmg

EMDB-13532, PDB-7pmg:
Cryo-EM structure of the actomyosin-V complex in the post-rigor transition state (AppNHp, central 1er, class 3)
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 3.3 Å

13533

7pmh

EMDB-13533, PDB-7pmh:
Cryo-EM structure of the actomyosin-V complex in the post-rigor transition state (AppNHp, central 1er, class 4)
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 3.4 Å

13535

7pmi

EMDB-13535, PDB-7pmi:
Cryo-EM structure of the actomyosin-V complex in the post-rigor transition state (AppNHp, central 1er, class 5)
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 3.3 Å

13536

7pmj

EMDB-13536, PDB-7pmj:
Cryo-EM structure of the actomyosin-V complex in the post-rigor transition state (AppNHp, central 1er, class 6)
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 3.4 Å

13538

7pml

EMDB-13538, PDB-7pml:
Cryo-EM structure of the actomyosin-V complex in the post-rigor transition state (AppNHp, central 1er, class 8)
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 3.3 Å

化合物

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM / アデノシン二リン酸

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-PO4:
PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩

ChemComp-9UE:
Jasplakinolide

ChemComp-ANP:
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP / AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

由来
  • gallus gallus (ニワトリ)
  • Rabbit (ウサギ)
  • amanita phalloides (タマゴテングタケ)
  • homo sapiens (ヒト)
  • oryctolagus cuniculus (ウサギ)
  • synthetic construct (人工物)
キーワードMOTOR PROTEIN (モータータンパク質) / myosin (ミオシン) / cytoskeleton (細胞骨格) / F-actin (アクチン) / phalloidin / jasplakinolide / STRUCTURAL PROTEIN (タンパク質)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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