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Structure paper

タイトルStructures of λ-like phage A8 tail tip bound to OmpC provide insight into receptor recognition.
ジャーナル・号・ページStructure, Year 2026
掲載日2026年2月27日
著者Tingyue Deng / Xiaofei Ge / Jiawei Wang /
PubMed 要旨Bacteriophage infection begins with the specific recognition of bacterial surface receptors by tail tip proteins, a decisive event that determines host specificity and triggers genome delivery. ...Bacteriophage infection begins with the specific recognition of bacterial surface receptors by tail tip proteins, a decisive event that determines host specificity and triggers genome delivery. However, the structural principles underlying this process remain poorly understood. Here, we determined high-resolution cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures of the engineered λ-like bacteriophage A8 gpJ713 in the unbound form and bound to the outer membrane porin OmpC. Comparisons with our previously determined structures of wild-type λ gpJ alone and bound to LamB reveal conserved receptor binding-induced conformational transitions across λ-like siphoviruses, defining a general mechanistic framework for tail-tip recognition. Guided by this framework, we restored stable binding to the previously incompatible OmpC G40 variant and converted OmpF into a functional receptor through a minimal loop deletion. These proof-of-concept receptor reprogramming experiments demonstrate the predictive power of our structural model and illustrate how targeted receptor engineering can complement directed evolution in developing therapeutic phages.
リンクStructure / PubMed:41763202
手法EM (単粒子)
解像度3.49 - 3.89 Å
構造データ

65858

9wca

EMDB-65858, PDB-9wca:
Closed state of A8 gpJ 713 central tail fiber
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.49 Å

65859

9wcb

EMDB-65859, PDB-9wcb:
Open state of A8 gpJ 713 central tail fiber with OmpC G17 from E. coli EDL933
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.89 Å

由来
  • Lambdavirus (ウイルス)
  • escherichia phage lambda (λファージ)
  • escherichia coli o157:h7 str. edl933 (大腸菌)
キーワードVIRAL PROTEIN / Phage Tail

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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