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Structure paper

タイトルCryo-EM structure of cyanopodophage Pan3 reveals a modular tail architecture for host recognition.
ジャーナル・号・ページStructure, Vol. 34, Issue 2, Page 220-228.e3, Year 2026
掲載日2026年2月5日
著者Pu Hou / Jie Zhu / Rong-Cheng Yu / Feng Yang / Kang Du / Jing Li / Wen-Wen Kong / Jie Wang / Yuxing Chen / Cong-Zhao Zhou / Yong-Liang Jiang /
PubMed 要旨Cyanophages, which are bacteriophages that specifically infect host cyanobacteria, also utilize the tail to initiate host recognition and adsorption. Owing to the limited structural information on ...Cyanophages, which are bacteriophages that specifically infect host cyanobacteria, also utilize the tail to initiate host recognition and adsorption. Owing to the limited structural information on cyanophages, our understanding of the mechanism by which cyanophages specifically recognize their hosts remains largely unknown. Here, we determined the intact cryoelectron microscopy structure of a freshwater cyanopodophage Pan3, which consists of an icosahedral shell and a short tail comprising four modular components: the dodecameric adaptor, hexameric nozzle, trimeric needle, and six heterohexameric tailspikes. Notably, each tailspike features an SGNH esterase domain fused to a lectin domain, forming a continuous groove complementary to the host lipopolysaccharide. These findings provide insights into the receptor engagement in Podoviridae, and establish a structural framework for cyanophage and host interactions that may guide future antibacterial interventions against harmful blooms.
リンクStructure / PubMed:41380677
手法EM (単粒子) / X線回折
解像度2.6 - 3.5 Å
構造データ

65449

9vye

EMDB-65449, PDB-9vye:
Cyanopodophage Pan3 capsid
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

65451

9vyf

EMDB-65451, PDB-9vyf:
Cyanopodophage Pan3 portal complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

65452

9vyg

EMDB-65452, PDB-9vyg:
Cyanopodophage Pan3 tail complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

65453

9vyh

EMDB-65453, PDB-9vyh:
Cyanopodophage Pan3 tailspike
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

PDB-9vzi:
Cyanopodophage Pan3 Needle
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.6 Å

化合物

ChemComp-IOD:
IODIDE ION

ChemComp-GOL:
GLYCEROL

ChemComp-HOH:
WATER

由来
  • pseudanabaena phage pan3 (ファージ)
キーワードVIRUS / Cyanophage / Capsid / Major capsid protein / VIRAL PROTEIN / Portal / Tail / Adaptor / Nozzle / Needle / Tailspike

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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