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Structure paper

タイトルStructural insights into type-I and type-II Lamassu antiphage systems.
ジャーナル・号・ページNat Chem Biol, Year 2026
掲載日2026年1月2日
著者Ming Li / Xiaolong Zhao / Xingyu Zhao / Dong Li / Weijia Xiong / Zirui Gao / Ling Huang / Linfeng An / Yongxiang Gao / Shanshan Li / Yue Feng / Kaiming Zhang / Yi Zhang /
PubMed 要旨Bacteria have developed a variety of immune systems to combat phage infections. The Lamassu system is a prokaryotic immune system with a core conserved structural maintenance of chromosomes (SMC) ...Bacteria have developed a variety of immune systems to combat phage infections. The Lamassu system is a prokaryotic immune system with a core conserved structural maintenance of chromosomes (SMC) superfamily protein LmuB and diverse effectors named LmuA, whose mechanism remains unclear. Here we present a series of cryo-electron microscopy structures of the type-I Lamassu complex from Bacillus cellulasensis and the type-II Lamassu complex from Vibrio cholerae, both in apo and dsDNA-bound states, revealing an unexpected stoichiometry and topological architecture distinct from canonical SMC complexes. Combined structural and biochemical analyses show how the nuclease effector LmuA is sequestered in an inactive monomeric form within the Lamassu complex and, upon sensing foreign DNA ends, dissociates and assembles into an active tetramer capable of DNA cleavage. Our findings elucidate the mechanism by which Lamassu systems detect viral replication and implement antiphage defense, highlighting the roles of SMC proteins in prokaryotic immunity.
リンクNat Chem Biol / PubMed:41482579
手法EM (単粒子)
解像度3.03 - 4.07 Å
構造データ

64575

9ux7

EMDB-64575, PDB-9ux7:
CryoEM Structure of LmuAB-DNA complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.73 Å

64576

9ux8

EMDB-64576, PDB-9ux8:
CryoEM Structure of LmuAB Apo State
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.71 Å

64583

9uxh

EMDB-64583, PDB-9uxh:
type II Lamassu, LmuACB with DNA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.03 Å

64584

9uxi

EMDB-64584, PDB-9uxi:
type II Lamassu, LmuA tetramer
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.64 Å

64585

9uxk

EMDB-64585, PDB-9uxk:
type II Lamassu, LmuACB from Vibrio cholerae O1 El
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.54 Å

64586

9uxl

EMDB-64586, PDB-9uxl:
type II Lamassu, LmuACB from Vibrio cholerae O1 El
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.07 Å

由来
  • Bacillus sp. (strain NCIM 5461 / CCTCC AB 2011126 / NIO-1130) (バクテリア)
  • bacillus sp. nio-1130 (バクテリア)
  • synthetic construct (人工物)
  • vibrio cholerae (コレラ菌)
キーワードIMMUNE SYSTEM / complex / anti-phage system / DNA BINDING PROTEIN / endonuclease; Structural maintenance of chromosomes (SMC) proteins; DNA BINDING PROTEIN

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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