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タイトルStructure and mechanism of the mitochondrial calcium transporter NCLX.
ジャーナル・号・ページNature, Vol. 646, Issue 8087, Page 1272-1280, Year 2025
掲載日2025年9月10日
著者Minrui Fan / Chen-Wei Tsai / Jinru Zhang / Jianxiu Zhang / Aswini R Krishnan / Tsung-Yun Liu / Yu-Lun Huang / Deniz Aydin / Siyuan Du / Briana L Sobecks / Madison X Rodriguez / Andrew H Reiter / Carolyn R Bertozzi / Ron O Dror / Ming-Feng Tsai / Liang Feng /
PubMed 要旨As a key mitochondrial Ca transporter, NCLX regulates intracellular Ca signalling and vital mitochondrial processes. The importance of NCLX in cardiac and nervous-system physiology is reflected by ...As a key mitochondrial Ca transporter, NCLX regulates intracellular Ca signalling and vital mitochondrial processes. The importance of NCLX in cardiac and nervous-system physiology is reflected by acute heart failure and neurodegenerative disorders caused by its malfunction. Despite substantial advances in the field, the transport mechanisms of NCLX remain unclear. Here we report the cryo-electron microscopy structures of NCLX, revealing its architecture, assembly, major conformational states and a previously undescribed mechanism for alternating access. Functional analyses further reveal an unexpected transport function of NCLX as a H/Ca exchanger, rather than as a Na/Ca exchanger as widely believed. These findings provide critical insights into mitochondrial Ca homeostasis and signalling, offering clues for developing therapies to treat diseases related to abnormal mitochondrial Ca.
リンクNature / PubMed:40931067 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.15 - 4.29 Å
構造データ

71819

9ps1

EMDB-71819, PDB-9ps1:
Cryo-EM structure of NCLX with calcium (class 3a)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.6 Å

71820

9ps2

EMDB-71820, PDB-9ps2:
Cryo-EM structure of NCLX with calcium (class 4a)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.15 Å

71821

9ps3

EMDB-71821, PDB-9ps3:
Cryo-EM structure of NCLX at low pH (class 4b)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.62 Å

71822

9ps4

EMDB-71822, PDB-9ps4:
Cryo-EM structure of NCLX without calcium (class 1)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.29 Å

71824

9ps6

EMDB-71824, PDB-9ps6:
Cryo-EM structure of NCLX without calcium (class 3)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.29 Å

71826

9ps8

EMDB-71826, PDB-9ps8:
Cryo-EM structure of NCLX with calcium (class 2a)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.97 Å

化合物

ChemComp-CA:
Unknown entry

ChemComp-HOH:
WATER

由来
  • Homo sapiens (ヒト)
  • rattus norvegicus (ドブネズミ)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Membrane transporter

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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