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Structure paper

タイトルStructural insights into the dynamic mechanism of bornavirus polymerase.
ジャーナル・号・ページProc Natl Acad Sci U S A, Vol. 122, Issue 39, Page e2504779122, Year 2025
掲載日2025年9月30日
著者Ge Yang / Dong Wang / Bin Liu /
PubMed 要旨Borna disease virus 1 (BoDV-1), an emerging zoonotic pathogen from the family, is neurotropic and can infect a variety of mammalian hosts, including humans. Linked to severe encephalitis and high ...Borna disease virus 1 (BoDV-1), an emerging zoonotic pathogen from the family, is neurotropic and can infect a variety of mammalian hosts, including humans. Linked to severe encephalitis and high mortality, BoDV-1 currently lacks licensed treatments or vaccines. The BoDV-1 polymerase complex, comprising the large (L) and phosphoprotein (P) subunits, is crucial for viral replication and transcription, making it a promising target for antiviral intervention. Here, we present the cryoelectron microscopy structure of the apo BoDV-1 L-P complex, revealing a unique "mitten-shaped" architecture. The structure characterizes key domains involved in RNA synthesis, including RNA-dependent RNA polymerase, polyribonucleotidyltransferase, and an inactive methyltransferase domain. While no RNA or NTPs were visible, we observed distinct conformational states, showing large-scale rearrangements of the P tetramer and L domains, as well as remodeling of the RNA template, nucleoside triphosphates, and nascent RNA entrances and/or exits, upon introducing RNA and NTPs. These findings highlight the dynamic structural changes probably associated with polymerase activity and advance the understanding of the BoDV-1 polymerase mechanisms, offering a basis for developing targeted antiviral strategies against this deadly pathogen.
リンクProc Natl Acad Sci U S A / PubMed:40996804 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.71 - 3.47 Å
構造データ

48790

9n0q

EMDB-48790, PDB-9n0q:
3.09A Bornavirus L-P complex (without incubation with RNA/NTP) (state 1)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.09 Å

48791

9n0r

EMDB-48791, PDB-9n0r:
2.71A Bornavirus L-P complex (after incubation with RNA/NTP) (state 1)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.71 Å

48792

9n0s

EMDB-48792, PDB-9n0s:
3.47A Bornavirus L-P complex (after incubation with RNA/NTP) (state 2)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.47 Å

48793

9n0t

EMDB-48793, PDB-9n0t:
3.37A Bornavirus L-P complex (after incubation with RNA/NTP) (state 3)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.37 Å

48794

9n0u

EMDB-48794, PDB-9n0u:
3.46A Bornavirus L-P complex (after incubation with RNA/NTP) (state 4)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.46 Å

化合物

ChemComp-ZN:
Unknown entry

由来
  • orthobornavirus (ウイルス)
キーワードTRANSFERASE / VIRAL PROTEIN / Bornavirus / L protein / phosphoprotein / RNA-dependent RNA polymerase / PRNTase / GDP polyribonucleotidyl transferase / RNA capping / viral replication

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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