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タイトルThe role of the troponin T interactions with actin in regulation of cardiac thin filament revealed by the troponin T pathogenic variant Ile79Asn.
ジャーナル・号・ページJ Mol Cell Cardiol, Vol. 204, Page 55-67, Year 2025
掲載日2025年5月22日
著者Cristina M Risi / Maicon Landim-Vieira / Betty Belknap / P Bryant Chase / Jose R Pinto / Vitold E Galkin /
PubMed 要旨Cardiac muscle contraction/relaxation cycle depends on the rising and falling Ca levels in sarcomeres that control the extent of interactions between myosin-based thick and actin-based thin filaments. ...Cardiac muscle contraction/relaxation cycle depends on the rising and falling Ca levels in sarcomeres that control the extent of interactions between myosin-based thick and actin-based thin filaments. Cardiac thin filament (cTF) consists of actin, tropomyosin (Tm) that regulates myosin binding to actin, and troponin complex that governs Tm position upon Ca-binding. Troponin has three subunits - Ca-binding troponin C (TnC), Tm stabilizing troponin T (TnT), and inhibitory troponin I (TnI). TnT N-terminus (TnT1) interactions with actin stabilize the inhibited state of cTF. TnC, TnI, and Tm work in concert to control actomyosin interactions. Cryo-electron microscopy (cryo-EM) provided factual structures of healthy cTF, but structures of cTF carrying missense mutations linked to human cardiomyopathy are unknown. Variant Ile79Asn in human cardiac TnT (TnT-I79N) increases myofilament Ca sensitivity and slows cross-bridge kinetics, leading to severe hypertrophic/restrictive cardiomyopathy. Here, we used TnT-I79N mutation as a tool to examine the role of TnT1 in the complex mechanism of cTF regulation. Comparison of the cryo-EM structures of murine wild type and TnT-I79N native cTFs at systolic Ca levels (pCa = 5.8) demonstrates that TnT-I79N causes 1) dissociation of the TnT1 loop from its actin interface that results in Tm release to a more activated position, 2) reduced interaction of TnI C-terminus with actin-Tm, and 3) increased frequency of Ca-bound regulatory units. Our data indicate that the TnT1 loop is a crucial element of the allosteric regulatory network that couples Tn subunits and Tm to maintain adequate cTF response to physiological Ca levels during a heartbeat.
リンクJ Mol Cell Cardiol / PubMed:40412797 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度4.0 - 5.7 Å
構造データ

EMDB-47449, PDB-9e2e:
The structure of the junction region of the wild-type murine native cardiac thin filament in Ca2+-free state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.0 Å

EMDB-48447, PDB-9mo4:
Structure of native murine cardiac thin filament at pCa=5.8 in Ca2+-free state (lower strand)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.3 Å

EMDB-48448, PDB-9mo5:
Structure of native murine cardiac thin filament at pCa=5.8 in Ca2+-bound partially activated state (lower strand)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.3 Å

EMDB-48449, PDB-9mo6:
Structure of native murine cardiac thin filament at pCa=5.8 in Ca2+-free tilted state (lower strand)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.3 Å

EMDB-48450, PDB-9mo7:
Structure of native murine cardiac thin filament at pCa=5.8 in Ca2+-bound fully activated state (lower strand)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.2 Å

EMDB-48451, PDB-9mo8:
Structure of native murine cardiac thin filament at pCa=5.8 in Ca2+-free state (upper strand)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.2 Å

EMDB-48452, PDB-9mo9:
Structure of native murine cardiac thin filament variant I79N in troponin T at pCa=5.8 in Ca2+-free rotated state (lower strand)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.6 Å

EMDB-48453, PDB-9moa:
Structure of native murine cardiac thin filament variant I79N in troponin T at pCa=5.8 in Ca2+-free tilted state (lower strand)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.4 Å

EMDB-48454, PDB-9mob:
Structure of native murine cardiac thin filament variant I79N in troponin T at pCa=5.8 in Ca2+-free state (upper strand)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.5 Å

EMDB-48455, PDB-9moc:
Structure of native murine cardiac thin filament variant I79N in troponin T at pCa=5.8 in Ca2+-free rotated state (upper strand)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.6 Å

EMDB-48456, PDB-9mod:
Structure of native murine cardiac thin filament variant I79N in troponin T at pCa=5.8 in Ca2+-free tilted state (upper strand)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.7 Å

EMDB-48467, PDB-9moi:
Structure of native murine cardiac thin filament at pCa=5.8 in Ca2+-free rotated state (lower strand)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.4 Å

EMDB-48468, PDB-9mok:
Structure of native murine cardiac thin filament at pCa=5.8 in Ca2+-free rotated state (upper strand)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.6 Å

EMDB-48469, PDB-9mol:
Structure of native murine cardiac thin filament at pCa=5.8 in Ca2+-free tilted state (upper strand)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.2 Å

EMDB-48470, PDB-9mom:
Structure of native murine cardiac thin filament at pCa=5.8 in Ca2+-bound partially activated state (upper strand)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.1 Å

EMDB-48471, PDB-9mon:
Structure of native murine cardiac thin filament at pCa=5.8 in Ca2+-bound fully activated state (upper strand)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.2 Å

EMDB-48476, PDB-9moo:
Structure of native murine cardiac thin filament variant I79N in troponin T at pCa=5.8 in Ca2+-free state (lower strand)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.2 Å

EMDB-48477, PDB-9mop:
Structure of native murine cardiac thin filament variant I79N in troponin T at pCa=5.8 in Ca2+-bound fully activated state (lower strand)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.0 Å

EMDB-48482, PDB-9mou:
Structure of native murine cardiac thin filament variant I79N in troponin T at pCa=5.8 in Ca2+-bound partially activated state (upper strand)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.6 Å

EMDB-48483, PDB-9mow:
Structure of native murine cardiac thin filament variant I79N in troponin T at pCa=5.8 in Ca2+-bound fully activated state (upper strand)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.9 Å

EMDB-48484, PDB-9mox:
Structure of native murine cardiac thin filament variant I79N in troponin T at pCa=5.8 in Ca2+-bound partially activated state (lower strand)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.2 Å

化合物

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-CA:
Unknown entry / カルシウムジカチオン

由来
  • mus musculus (ハツカネズミ)
キーワードMOTOR PROTEIN / thin filament / troponin T / muscle / cryo-EM / troponin / tropomyosin / muscle structure

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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