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タイトルMechanistic insights into RNA cleavage by human Argonaute2-siRNA complex.
ジャーナル・号・ページCell Res, Vol. 35, Issue 6, Page 453-464, Year 2025
掲載日2025年4月16日
著者Zhenzhen Li / Qikui Xu / Yan Zhang / Jing Zhong / Tianxiang Zhang / Junchao Xue / Shuxian Liu / Haishan Gao / Z Z Zhao Zhang / Jianping Wu / En-Zhi Shen /
PubMed 要旨In animals, AGO-clade Argonaute proteins utilize small interfering RNAs (siRNAs) as guides to recognize target with complete complementarity, resulting in target RNA cleavage that is a critical step ...In animals, AGO-clade Argonaute proteins utilize small interfering RNAs (siRNAs) as guides to recognize target with complete complementarity, resulting in target RNA cleavage that is a critical step for target silencing. These proteins feature a constricted nucleic acid-binding channel that limits base pairing between the guide and target beyond the seed region. How the AGO-siRNA complexes overcome this structural limitation and achieve efficient target cleavage remains unclear. We performed cryo-electron microscopy of human AGO-siRNA complexes bound to target RNAs of increasing lengths to examine the conformational changes associated with target recognition and cleavage. Initially, conformational transition propagates from the opening of the PAZ domain and extends through a repositioning of the PIWI-L1-N domain toward the binding channel, facilitating the capture of siRNA-target duplex. Subsequent extension of base pairing drives the downward movement of the PIWI-L1-N domain to enable catalytic activation. Finally, further base pairing toward the 3' end of siRNA destabilizes the PAZ-N domain, resulting in a "uni-lobed" architecture, which might facilitate the multi-turnover action of the AGO-siRNA enzyme complex. In contrast to PIWI-clade Argonautes, the "uni-lobed" structure of the AGO complex makes multiple contacts with the target in the central region of the siRNA-target duplex, positioning it within the catalytic site. Our findings shed light on the stepwise mechanisms by which the AGO-siRNA complex executes target RNA cleavage and offer insights into the distinct operational modalities of AGO and PIWI proteins in achieving such cleavage.
リンクCell Res / PubMed:40240484 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.7 - 3.2 Å
構造データ

62131

9k6p

EMDB-62131, PDB-9k6p:
Cryo-EM Structure of hAGO2D669A-siRNA-target (12-nt)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

62132

9k6q

EMDB-62132: Cryo-EM Structure of hAGO2D669A-siRNA-target (14-nt, bilobed)
PDB-9k6q: "Cryo-EM Structure of hAGO2D669A-siRNA-target (14-nt, sesqui-lobed)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.7 Å

62133

9k6r

EMDB-62133, PDB-9k6r:
Cryo-EM Structure of hAGO2D669A-siRNA-target (14-nt, uni-lobed)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.7 Å

62134

9k6s

EMDB-62134, PDB-9k6s:
Cryo-EM Structure of hAGO2D669A-siRNA-target (19-nt)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.8 Å

62135

9k6t

EMDB-62135, PDB-9k6t:
Cryo-EM Structure of hAGO2D669A-siRNA-target (21-nt)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.8 Å

化合物

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードRNA BINDING PROTEIN / Argonaute protein / siRNA / RNA BINDING PROTEIN/RNA

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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