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タイトルPlant essential oil targets TRPV3 for skin renewal and structural mechanism of action.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 16, Issue 1, Page 2728, Year 2025
掲載日2025年3月19日
著者Yang Li / Xuteng Lu / Xufeng Cheng / Keyu Xia / Junyan Hu / Peiyu Wang / Peiyuan Pang / Bomin Gao / Demeng Sun / Zhuzhen Zhang / Dongdong Li / Zengqin Deng / Changlin Tian / Chang Xie / Jing Yao /
PubMed 要旨Our skin safeguards the body homeostasis for health and also provides psychological consolation in social life. Natural essential oils are widely used for skin maintenance, while the molecular target ...Our skin safeguards the body homeostasis for health and also provides psychological consolation in social life. Natural essential oils are widely used for skin maintenance, while the molecular target and mechanism of action remain largely unknown. Here, we report that citronellal, a plant-derived acyclic monoterpene commonly used for personal care, stimulates skin renewal by promoting keratinocyte proliferation through the activation of TRPV3. We further present cryo-EM structures of human TRPV3 in complex with acyclic monoterpenes, including citronellal, citral, linalool and isodihydrolavandulal, determined at resolutions of 3.1-3.6 Å. Our structural and functional analysis unmasks consistent yet subtly different binding modes within the TRPV3 vanilloid site. Our results elucidate that essential oil ligands activate TRPV3 channels by competitively displacing endogenous lipids from the vanilloid site. Together, these findings identify TRPV3 as the molecular target of natural acyclic monoterpenes for skin renewal, and delineate the structural basis of action, thus being instrumental for moving forward skin healthcare.
リンクNat Commun / PubMed:40108208 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.13 - 3.62 Å
構造データ

61396

9jdm

EMDB-61396, PDB-9jdm:
Cryo-EM structure of human TRPV3 determined in MSP2N2 nanodisc
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.13 Å

61407

9je5

EMDB-61407, PDB-9je5:
Cryo-EM structure of human TRPV3 in complex with citronellal determined in MSP2N2 nanodisc
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.53 Å

61414

9jee

EMDB-61414, PDB-9jee:
Cryo-EM structure of human TRPV3 in complex with citral determined in MSP2N2 nanodisc
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.51 Å

61415

9jef

EMDB-61415, PDB-9jef:
Cryo-EM structure of human TRPV3 in complex with linalool determined in MSP2N2 nanodisc
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.62 Å

61416

9jeg

EMDB-61416, PDB-9jeg:
Cryo-EM structure of human TRPV3 in complex with isodihydrolavandulal determined in MSP2N2 nanodisc
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.39 Å

化合物

ChemComp-POV:
(2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate / リン脂質*YM

PDB-1ebv:
OVINE PGHS-1 COMPLEXED WITH SALICYL HYDROXAMIC ACID

ChemComp-GRQ:
Geranaldehyde

PDB-1ebl:
THE 1.8 A CRYSTAL STRUCTURE AND ACTIVE SITE ARCHITECTURE OF BETA-KETOACYL-[ACYL CARRIER PROTEIN] SYNTHASE III (FABH) FROM ESCHERICHIA COLI

PDB-1ebm:
CRYSTAL STRUCTURE OF THE HUMAN 8-OXOGUANINE GLYCOSYLASE (HOGG1) BOUND TO A SUBSTRATE OLIGONUCLEOTIDE

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードMEMBRANE PROTEIN

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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