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タイトルStructural and enzymatic plasticity of SIRT6 deacylase activity.
ジャーナル・号・ページJ Biol Chem, Vol. 301, Issue 5, Page 108446, Year 2025
掲載日2025年3月25日
著者Zhipeng A Wang / Jonathan Markert / Samuel D Whedon / Maheeshi Yapa Abeywardana / Xinlei Sheng / Eunju Nam / Kwangwoon Lee / Maggie Chen / Amanda Waterbury / Yingming Zhao / Lucas Farnung / Philip A Cole /
PubMed 要旨Sirtuin 6 (SIRT6) is an NAD-dependent protein deacylase that targets lysine residues in histones in the cell nucleus, where it helps maintain genome stability and links metabolism to epigenetic ...Sirtuin 6 (SIRT6) is an NAD-dependent protein deacylase that targets lysine residues in histones in the cell nucleus, where it helps maintain genome stability and links metabolism to epigenetic control. Dysregulation of SIRT6 is believed to be associated with aging and cancer, making it of pharmacological interest. In this study, we use cryo-EM and enzymology to explore SIRT6 preference and adaptability toward different nucleosomal substrates. We have visualized a trapped complex of SIRT6 in the process of deacylating H3K27, demonstrating how SIRT6 undergoes conformational changes to remove differently positioned histone marks. Additional biochemical studies further reveal the plasticity of SIRT6, which accommodates various metabolism-linked modifications, such as lysine lactylation and β-hydroxybutyrylation. To further understand the basis for substrate selectivity of SIRT6, we explore the effects of an established G60A enzyme mutation, proximal H3 modifications, and small-molecule modulators. These findings highlight the versatility of SIRT6 and provide key mechanistic insights into its molecular recognition.
リンクJ Biol Chem / PubMed:40147774 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.2 Å
構造データ

48086

9eil

EMDB-48086, PDB-9eil:
SIRT6 bound to an H3K27Ac nucleosome
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

化合物

ChemComp-ZSL:
[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3,4-dihydroxyoxolan-2-yl]methyl [(3aR,5R,6R,6aR)-6-hydroxytetrahydro-2H-furo[2,3-d][1,3]oxathiol-5-yl]methyl dihydrogen diphosphate (non-preferred name)

ChemComp-ZN:
Unknown entry

由来
  • xenopus laevis (アフリカツメガエル)
  • homo sapiens (ヒト)
  • synthetic construct (人工物)
キーワードGENE REGULATION / nucleosome / SIRTUIN6 / histone deacylation / H3K27Ac

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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