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タイトルCryo-EM structure of the Seneca Valley virus A-particle and related structural states.
ジャーナル・号・ページJ Virol, Vol. 99, Issue 9, Page e0074425, Year 2025
掲載日2025年9月23日
著者Rosheny Kumaran / Nadishka Jayawardena / Kuan-Lin Chen / Alice-Roza Eruera / James Hodgkinson-Bean / Laura N Burga / Matthias Wolf / Mihnea Bostina /
PubMed 要旨Picornavirus cell entry requires a series of capsid protein conformational changes leading to genome uncoating. For enteroviruses, receptor binding triggers the transition from a full (F) capsid to ...Picornavirus cell entry requires a series of capsid protein conformational changes leading to genome uncoating. For enteroviruses, receptor binding triggers the transition from a full (F) capsid to an altered (A) particle before releasing its genome and finally converting it into an empty (E) particle. In contrast, non-enteroviruses, such as Aphthovirus, Cardiovirus, or Seneca Valley virus, release their genomes by dissociating the capsid into pentamers. While the existence of a transient A-particle for non-enteroviruses was previously speculated, it has never been directly observed using structural methods. Seneca Valley virus (SVV) is an oncolytic picornavirus that selectively targets cancer cells by recognizing Tumor endothelial marker 8 (TEM8) as the host receptor. SVV disassembles into pentamers at acidic pH, suggesting that the acidic environment of the endosome could cause capsid disassembly. We used cryo-electron microscopy to investigate SVV under acidic conditions and in complex with TEM8 at physiological pH, identifying multiple uncoating intermediates. These include an altered-particle, an empty-rotated particle (E), and a series of open particles expelling the coiled genome. The A-particle is expanded, displays reduced interactions between capsid proteins, a reorganized genome, and has a poorly resolved VP1 N-terminus, VP2 N-terminus, and VP4. The E particle has rotated pentamers, reduced contacts within the particle, lacks the genome, VP1 and VP2 N-termini, and VP4. Our work provides an understanding of transient SVV structural states and supports the existence of an intermediate SVV A-particle. These findings could help optimize SVV for oncolytic therapy.IMPORTANCESeneca Valley virus (SVV) is a non-enterovirus picornavirus with specific tumor tropism mediated by the receptor Tumor endothelial marker 8, also known as Anthrax toxin receptor 1. Using cryo-electron microscopy, it was possible to identify multiple structural states of SVV. We demonstrate that SVV capsids transition from full particles to altered (A) particles and then to empty-rotated (E) particles, with receptor binding and acidic pH driving these conformational changes, respectively. This study also identifies open particles with expelled genomes. Comparisons between A- and E-particles reveal that peptide segments of VP1, VP2, and VP4 could potentially play a role in genome delivery. Future work can explore the formation of these structural states .
リンクJ Virol / PubMed:40833065 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.36 - 6.41 Å
構造データ

47827

9eaa

EMDB-47827, PDB-9eaa:
Seneca valley virus Altered particle at acidic condition (A-particle[C])
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.36 Å

47828

9eab

EMDB-47828, PDB-9eab:
Seneca valley virus Altered particle at physiological condition (A-particle[P])
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.39 Å

47829

9eac

EMDB-47829, PDB-9eac:
Seneca valley virus Empty rotated particle at acidic condition (ER-particle[C])
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.27 Å

47830

9ead

EMDB-47830, PDB-9ead:
Seneca valley virus Empty rotated particle at physiological condition (ER-particle[P])
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.41 Å

化合物

ChemComp-CA:
Unknown entry

由来
  • seneca valley virus usa/ssv-001 (ウイルス)
キーワードVIRUS / SVV / Capsid / Physiological condition / Non-enterovirus / A-particle / Altered particle / genome release / capsid uncoating / Seneca Valley virus / Senecavirus / Oncolytic virus

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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