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タイトルNavigating from cellular phenotypic screen to clinical candidate: selective targeting of the NLRP3 inflammasome.
ジャーナル・号・ページEMBO Mol Med, Vol. 17, Issue 1, Page 54-84, Year 2025
掲載日2024年12月9日
著者Rosalie Matico / Karolien Grauwen / Dhruv Chauhan / Xiaodi Yu / Irini Abdiaj / Suraj Adhikary / Ine Adriaensen / Garcia Molina Aranzazu / Jesus Alcázar / Michela Bassi / Ellen Brisse / Santiago Cañellas / Shubhra Chaudhuri / Francisca Delgado / Alejandro Diéguez-Vázquez / Marc Du Jardin / Victoria Eastham / Michael Finley / Tom Jacobs / Ken Keustermans / Robert Kuhn / Josep Llaveria / Jos Leenaerts / Maria Lourdes Linares / Maria Luz Martín / Rosa Martín-Pérez / Carlos Martínez / Robyn Miller / Frances M Muñoz / Michael E Muratore / Amber Nooyens / Laura Perez-Benito / Mathieu Perrier / Beth Pietrak / Jef Serré / Sujata Sharma / Marijke Somers / Javier Suarez / Gary Tresadern / Andres A Trabanco / Dries Van den Bulck / Michiel Van Gool / Filip Van Hauwermeiren / Teena Varghese / Juan Antonio Vega / Sameh A Youssef / Matthew J Edwards / Daniel Oehlrich / Nina Van Opdenbosch /
PubMed 要旨The NLRP3 inflammasome plays a pivotal role in host defense and drives inflammation against microbial threats, crystals, and danger-associated molecular patterns (DAMPs). Dysregulation of NLRP3 ...The NLRP3 inflammasome plays a pivotal role in host defense and drives inflammation against microbial threats, crystals, and danger-associated molecular patterns (DAMPs). Dysregulation of NLRP3 activity is associated with various human diseases, making it an attractive therapeutic target. Patients with NLRP3 mutations suffer from Cryopyrin-Associated Periodic Syndrome (CAPS) emphasizing the clinical significance of modulating NLRP3. In this study, we present the identification of a novel chemical class exhibiting selective and potent inhibition of the NLRP3 inflammasome. Through a comprehensive structure-activity relationship (SAR) campaign, we optimized the lead molecule, compound A, for in vivo applications. Extensive in vitro and in vivo characterization of compound A confirmed the high selectivity and potency positioning compound A as a promising clinical candidate for diseases associated with aberrant NLRP3 activity. This research contributes to the ongoing efforts in developing targeted therapies for conditions involving NLRP3-mediated inflammation, opening avenues for further preclinical and clinical investigations.
リンクEMBO Mol Med / PubMed:39653810 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.76 Å
構造データ

46855

9dh3

EMDB-46855, PDB-9dh3:
Cryo-EM structure of NLRP3 complex with Compound C
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.76 Å

化合物

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

PDB-1a4l:
ADA STRUCTURE COMPLEXED WITH DEOXYCOFORMYCIN AT PH 7.0

ChemComp-CPS:
3-[(3-CHOLAMIDOPROPYL)DIMETHYLAMMONIO]-1-PROPANESULFONATE / 可溶化剤*YM

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードIMMUNE SYSTEM / NLRP3 Inflammasome / Small Molecule Inhibitors / and Drug Discovery

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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