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Structure paper

タイトルBasis for selective drug evasion of an aminoglycoside-resistance ribosomal RNA modification.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 16, Issue 1, Page 7992, Year 2025
掲載日2025年8月27日
著者Debayan Dey / Jacob M Mattingly / Natalia Zelinskaya / Christine M Dunham / Graeme L Conn /
PubMed 要旨Aminoglycosides disrupt the fidelity of bacterial protein synthesis, but their potent antibacterial activity is threatened by multiple resistance mechanisms, including methylation of their ribosomal ...Aminoglycosides disrupt the fidelity of bacterial protein synthesis, but their potent antibacterial activity is threatened by multiple resistance mechanisms, including methylation of their ribosomal RNA (rRNA) binding site. However, the impact of one such resistance-conferring methylation on N1 of helix 44 nucleotide A1408 (mA1408) is highly variable with some aminoglycosides retaining significant potency. Here, we examine bacterial susceptibility to diverse aminoglycosides, determine high-resolution electron cryomicroscopy structures of mA1408-modified 70S ribosome-aminoglycoside complexes, and perform molecular dynamics simulations to decipher the key determinants of such "resistance evasion." Collectively, these analyses reveal how some aminoglycosides adapt their conformation to accommodate mA1408, including the roles of specific ring substituents, balancing ligand strain and maintaining favorable interactions, as well as interactions made by additional functional groups that compensate for those disrupted by the modification. This work provides design principles that can guide future rational development of aminoglycosides refractory to resistance conferred by rRNA modifications.
リンクNat Commun / PubMed:40866347 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.2 - 2.7 Å
構造データ

44192

9b4z

EMDB-44192, PDB-9b4z:
E. coli 70S ribosome complex (N1-methylated 16S A1408 + arbekacin)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.2 Å

44193

9b50

EMDB-44193, PDB-9b50:
E. coli 70S ribosome complex (unmethylated 16S A1408 + arbekacin)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.7 Å

44194

9b51

EMDB-44194, PDB-9b51:
E. coli 70S ribosome complex (N1-methylated 16S A1408 + G418)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.4 Å

化合物

ChemComp-MG:
Unknown entry

ChemComp-84G:
Arbekacin

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-GET:
GENETICIN / 抗生剤*YM

由来
  • escherichia coli (大腸菌)
キーワードRIBOSOME / aminoglycoside / A1408 / resistance

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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