[日本語] English
万見文献
- EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース -

+
検索条件

キーワード
構造解析手法
著者・登録者
ジャーナル
IF

-
Structure paper

タイトルReceptor binding and structural basis of raccoon dog ACE2 binding to SARS-CoV-2 prototype and its variants.
ジャーナル・号・ページPLoS Pathog, Vol. 20, Issue 12, Page e1012713, Year 2024
掲載日2024年12月5日
著者Chunliang Luo / Linjie Li / Yuhang Gu / Hangchuan Zhang / Zepeng Xu / Junqing Sun / Kaiyuan Shi / Sufang Ma / Wen-Xia Tian / Kefang Liu / George F Gao /
PubMed 要旨Raccoon dog was proposed as a potential host of SARS-CoV-2, but no evidence support such a notion. In our study, we investigated the binding affinities of raccoon dog ACE2 (rdACE2) to the spike (S) ...Raccoon dog was proposed as a potential host of SARS-CoV-2, but no evidence support such a notion. In our study, we investigated the binding affinities of raccoon dog ACE2 (rdACE2) to the spike (S) protein receptor binding domain (RBD) of SARS-CoV-2 prototype (PT) and its variants. It revealed that the binding affinities of RBD from SARS-CoV-2 variants were generally lower than that of the PT RBD. Through structural and functional analyses, we found amino acids H34 and M82 play pivotal roles in maintaining the binding affinity of ACE2 to different SARS-CoV-2 sub-variants. These results suggest that raccoon dogs exhibit lower susceptibility to SARS-CoV-2 compared to those animal species with a high prevalence of SARS-CoV-2 transmission.
リンクPLoS Pathog / PubMed:39637248 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.52 - 3.16 Å
構造データ

39208

8yf2

EMDB-39208, PDB-8yf2:
Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 prototype RBD in complex with raccoon dog ACE2 (local refinement)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.64 Å

EMDB-39209: Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 prototype spike protein in complex with raccoon dog ACE2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.52 Å

EMDB-39224: Cryo-EM map of SARS-CoV-2 alpha variant spike protein in complex with raccoon dog ACE2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.86 Å

39229

8yft

EMDB-39229, PDB-8yft:
Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 alpha variant spike protein in complex with raccoon dog ACE2 (local refinement)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.16 Å

化合物

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

由来
  • severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
  • nyctereutes procyonoides (タヌキ)
キーワードVIRAL PROTEIN/HYDROLASE / SARS-CoV-2 / rototype RBD / raccoon dog / ACE2 / VIRAL PROTEIN-HYDROLASE Complex / alpha / RBD

+
万見文献について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見文献

EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース

  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る