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Structure paper

タイトルFunctional and structural investigation of a broadly neutralizing SARS-CoV-2 antibody.
ジャーナル・号・ページJCI Insight, Vol. 9, Issue 10, Year 2024
掲載日2024年5月22日
著者Yi-Hsuan Chang / Min-Feng Hsu / Wei-Nan Chen / Min-Hao Wu / Wye-Lup Kong / Mei-Yeh Jade Lu / Chih-Heng Huang / Fang-Ju Chang / Lan-Yi Chang / Ho-Yang Tsai / Chao-Ping Tung / Jou-Hui Yu / Yali Kuo / Yu-Chi Chou / Li-Yang Bai / Yuan-Chih Chang / An-Yu Chen / Cheng-Cheung Chen / Yi-Hua Chen / Chun-Che Liao / Chih-Shin Chang / Jian-Jong Liang / Yi-Ling Lin / Takashi Angata / Shang-Te Danny Hsu / Kuo-I Lin /
PubMed 要旨Since its emergence, SARS-CoV-2 has been continuously evolving, hampering the effectiveness of current vaccines against COVID-19. mAbs can be used to treat patients at risk of severe COVID-19. Thus, ...Since its emergence, SARS-CoV-2 has been continuously evolving, hampering the effectiveness of current vaccines against COVID-19. mAbs can be used to treat patients at risk of severe COVID-19. Thus, the development of broadly protective mAbs and an understanding of the underlying protective mechanisms are of great importance. Here, we isolated mAbs from donors with breakthrough infection with Omicron subvariants using a single-B cell screening platform. We identified a mAb, O5C2, which possesses broad-spectrum neutralization and antibody-dependent cell-mediated cytotoxic activities against SARS-CoV-2 variants, including EG.5.1. Single-particle analysis by cryo-electron microscopy revealed that O5C2 targeted an unusually large epitope within the receptor-binding domain of spike protein that overlapped with the angiotensin-converting enzyme 2 binding interface. Furthermore, O5C2 effectively protected against BA.5 Omicron infection in vivo by mediating changes in transcriptomes enriched in genes involved in apoptosis and interferon responses. Our findings provide insights into the development of pan-protective mAbs against SARS-CoV-2.
リンクJCI Insight / PubMed:38775156 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.6 Å
構造データ

38216

8xbf

EMDB-38216, PDB-8xbf:
Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 S-BQ.1 in complex with antibody O5C2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

化合物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

由来
  • severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードVIRAL PROTEIN / spike protein / antibody

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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