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Structure paper

タイトルA general system for targeting MHC class II-antigen complex via a single adaptable loop.
ジャーナル・号・ページNat Biotechnol, Vol. 43, Issue 10, Page 1673-1682, Year 2025
掲載日2024年12月13日
著者Haotian Du / Jingjia Liu / Kevin M Jude / Xinbo Yang / Ying Li / Braxton Bell / Hongli Yang / Audrey Kassardjian / Wyatt Blackson / Ali Mobedi / Udit Parekh / R Andres Parra Sperberg / Jean-Philippe Julien / Elizabeth D Mellins / K Christopher Garcia / Po-Ssu Huang /
PubMed 要旨Major histocompatibility complex class II (MHCII) bound to a peptide antigen mediates interactions between CD4 T cells and antigen-presenting cells. Targeting peptide-MHCII with T cell antigen ...Major histocompatibility complex class II (MHCII) bound to a peptide antigen mediates interactions between CD4 T cells and antigen-presenting cells. Targeting peptide-MHCII with T cell antigen receptors (TCRs) and TCR-like antibodies has shown promise for autoimmune diseases and microbiome tolerance. To develop a general targeting approach, we introduce targeted recognition of antigen-MHC complex reporter for MHCII (TRACeR-II) for the rapid development of peptide-specific MHCII binders. TRACeR-II binders have a small helical bundle scaffold and use a single loop to recognize peptide-MHCII, which offers versatility and enables structural modeling of the interactions to target MHCII antigens. We demonstrate rapid generation of TRACeR-II binders to multiple molecules with affinities in the low-nanomolar to low-micromolar range, comparable to best-in-class TCRs and antibodies. Through computational protein design, we created specific binding sequences in silico from only the sequence of a severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 peptide. TRACeR-II provides a straightforward approach to target antigen-MHCII without relying on combinatorial selection on complementarity-determining region loops.
リンクNat Biotechnol / PubMed:39672953 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.28 Å
構造データ

43499

8vsj

EMDB-43499, PDB-8vsj:
Engineered peptide-specific binder in complex with HLA-DR1/CLIP
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.28 Å

化合物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • metamycoplasma arthritidis (バクテリア)
キーワードIMMUNE SYSTEM / complex / engineered protein

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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