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Structure paper

タイトルDistinct binding modes drive the broad neutralization profile of two persistent influenza hemagglutinin stem-specific antibody lineages.
ジャーナル・号・ページStructure, Vol. 33, Issue 5, Page 869-877.e7, Year 2025
掲載日2025年5月1日
著者Grace E Mantus / Gabriele Cerutti / Michael Chambers / Rebecca A Gillespie / Geoffrey D Shimberg / Abby Spangler / Jason Gorman / Tongqing Zhou / Chen-Hsiang Shen / Masaru Kanekiyo / Peter D Kwong / Lawrence Shapiro / Sarah F Andrews /
PubMed 要旨Elicitation of antibodies to the influenza hemagglutinin stem is a critical part of universal influenza vaccine strategies. While numerous broadly reactive stem antibodies have been isolated, our ...Elicitation of antibodies to the influenza hemagglutinin stem is a critical part of universal influenza vaccine strategies. While numerous broadly reactive stem antibodies have been isolated, our understanding of how these antibodies mature within the human B cell repertoire is limited. Here, we isolated and tracked two stem-specific antibody lineages over a decade in a single participant that received multiple seasonal and pandemic influenza vaccinations. Despite similar binding and neutralization profiles, antibodies from these lineages utilized fundamentally different interactions to engage the central epitope on the influenza stem. Structural analysis of an unmutated common ancestor from one lineage identified critical residues that were the main drivers of increased affinity and breadth to group 1 influenza subtypes. These observations demonstrate the heterogeneous pathways by which stem-specific antibodies can mature within the human B cell repertoire.
リンクStructure / PubMed:40112805 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / X線回折
解像度2.97 - 3.5 Å
構造データ

43169

8veb

EMDB-43169, PDB-8veb:
Cryo-EM structure of antibody T5-1E08 in complex with stabilized H1N1 Influenza Hemagglutinin Trimer (A/Kiev/1/57)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.97 Å

43170

8ved

EMDB-43170, PDB-8ved:
Cryo-EM structure of antibody T5-1E11 in complex with stabilized H1N1 Influenza Hemagglutinin Trimer (A/Kiev/1/57)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.98 Å

43171

8vee

EMDB-43171, PDB-8vee:
Cryo-EM structure of antibody T5-1E08 in complex with H7N9 Influenza Hemagglutinin Trimer (A/Shanghai/2/13)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.18 Å

43172

8vef

EMDB-43172, PDB-8vef:
Cryo-EM structure of antibody T5-1E08 UCA (unmutated common ancestor) in complex with stabilized H1N1 Influenza Hemagglutinin Trimer (A/Kiev/1/57)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.04 Å

PDB-8t1g:
The crystal structure of hemagglutinin form a h7n9 influenza virus (a/shanghai/1/2013) in complex with antibody 1E11
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.5 Å

化合物

ChemComp-CA:
Unknown entry

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

由来
  • influenza a virus (A型インフルエンザウイルス)
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードIMMUNE SYSTEM/VIRAL PROTEIN / hemagglutinin / influenza / virus / antibody / H7N9 / IMMUNE SYSTEM / IMMUNE SYSTEM-VIRAL PROTEIN complex / Broadly neutralizing antibody / group 1 / antibody maturation / cryo-EM / Fab / trimer / spike / viral protein / Group 2 / unmutated common ancestor / UCA

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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