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タイトルLYCHOS is a human hybrid of a plant-like PIN transporter and a GPCR.
ジャーナル・号・ページNature, Vol. 634, Issue 8036, Page 1238-1244, Year 2024
掲載日2024年10月2日
著者Charles Bayly-Jones / Christopher J Lupton / Alastair C Keen / Shuqi Dong / Chantel Mastos / Wentong Luo / Chunyi Qian / Gareth D Jones / Hari Venugopal / Yong-Gang Chang / Ronald J Clarke / Michelle L Halls / Andrew M Ellisdon /
PubMed 要旨Lysosomes have crucial roles in regulating eukaryotic metabolism and cell growth by acting as signalling platforms to sense and respond to changes in nutrient and energy availability. LYCHOS (GPR155) ...Lysosomes have crucial roles in regulating eukaryotic metabolism and cell growth by acting as signalling platforms to sense and respond to changes in nutrient and energy availability. LYCHOS (GPR155) is a lysosomal transmembrane protein that functions as a cholesterol sensor, facilitating the cholesterol-dependent activation of the master protein kinase mechanistic target of rapamycin complex 1 (mTORC1). However, the structural basis of LYCHOS assembly and activity remains unclear. Here we determine several high-resolution cryo-electron microscopy structures of human LYCHOS, revealing a homodimeric transmembrane assembly of a transporter-like domain fused to a G-protein-coupled receptor (GPCR) domain. The class B2-like GPCR domain is captured in the apo state and packs against the surface of the transporter-like domain, providing an unusual example of a GPCR as a domain in a larger transmembrane assembly. Cholesterol sensing is mediated by a conserved cholesterol-binding motif, positioned between the GPCR and transporter domains. We reveal that the LYCHOS transporter-like domain is an orthologue of the plant PIN-FORMED (PIN) auxin transporter family, and has greater structural similarity to plant auxin transporters than to known human transporters. Activity assays support a model in which the LYCHOS transporter and GPCR domains coordinate to sense cholesterol and regulate mTORC1 activation.
リンクNature / PubMed:39358511 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.4 - 3.0 Å
構造データ

41912

8u54

EMDB-41912, PDB-8u54:
The mTORC1 cholesterol sensor LYCHOS (GPR155)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.65 Å

41913

8u56

EMDB-41913, PDB-8u56:
The mTORC1 cholesterol sensor LYCHOS (GPR155)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.75 Å

41914

8u58

EMDB-41914, PDB-8u58:
The mTORC1 cholesterol sensor LYCHOS (GPR155) with tryptophan
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.45 Å

41916

8u5c

EMDB-41916, PDB-8u5c:
The mTORC1 cholesterol sensor LYCHOS (GPR155) with cholesterol
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.68 Å

41929

8u5n

EMDB-41929, PDB-8u5n:
The mTORC1 cholesterol sensor LYCHOS (GPR155) - monomer with auxin
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

41930

8u5q

EMDB-41930, PDB-8u5q:
The mTORC1 cholesterol sensor LYCHOS (GPR155) - dimer with auxin
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.4 Å

41934

8u5v

EMDB-41934, PDB-8u5v:
The mTORC1 cholesterol sensor LYCHOS (GPR155) - auxin bound, closed state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.77 Å

41935

8u5x

EMDB-41935, PDB-8u5x:
The mTORC1 cholesterol sensor LYCHOS (GPR155) - auxin bound, open state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.79 Å

化合物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

ChemComp-LMN:
Lauryl Maltose Neopentyl Glycol / 可溶化剤*YM

ChemComp-Y01:
CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / コレステリルヘミスクシナ-ト

ChemComp-IAC:
1H-INDOL-3-YLACETIC ACID / インド-ル酢酸 / ホルモン*YM

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / PIN-FORMED / GPCR / Cholesterol / auxin / transporter / cell-growth / mTORC1 / cancer

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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