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タイトルDefining bottlenecks and opportunities for Lassa virus neutralization by structural profiling of vaccine-induced polyclonal antibody responses.
ジャーナル・号・ページCell Rep, Vol. 43, Issue 9, Page 114708, Year 2024
掲載日2024年9月24日
著者Philip J M Brouwer / Hailee R Perrett / Tim Beaumont / Haye Nijhuis / Sabine Kruijer / Judith A Burger / Ilja Bontjer / Wen-Hsin Lee / James A Ferguson / Martin Schauflinger / Helena Müller-Kräuter / Rogier W Sanders / Thomas Strecker / Marit J van Gils / Andrew B Ward /
PubMed 要旨Lassa fever continues to be a major public health burden in West Africa, yet effective therapies or vaccines are lacking. The isolation of protective neutralizing antibodies against the Lassa virus ...Lassa fever continues to be a major public health burden in West Africa, yet effective therapies or vaccines are lacking. The isolation of protective neutralizing antibodies against the Lassa virus glycoprotein complex (GPC) justifies the development of vaccines that can elicit strong neutralizing antibody responses. However, Lassa vaccine candidates have generally been unsuccessful at doing so, and the associated antibody responses to these vaccines remain poorly characterized. Here, we establish an electron microscopy-based epitope mapping workflow that enables high-resolution structural characterization of polyclonal antibodies to the GPC. By applying this method to rabbits vaccinated with a recombinant GPC vaccine and a GPC-derived virus-like particle, we reveal determinants of neutralization that involve epitopes of the GPC-A competition cluster. Furthermore, by identifying undescribed immunogenic off-target epitopes, we expose the challenges that recombinant GPC vaccines face. By enabling detailed polyclonal antibody characterization, our work ushers in a next generation of more rational Lassa vaccine design.
リンクCell Rep / PubMed:39243373 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.8 - 25.0 Å
構造データ

EMDB-41715, PDB-8tye:
Lassa GPC (strain Josiah) bound to rabbit polyclonal fusion-peptide-targeting antibody FP-1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

EMDB-43141, PDB-8vcv:
Lineage IV Lassa virus glycoprotein (Josiah) in complex with rabbit polyclonal antibody (GPC-C epitope)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.8 Å

EMDB-43168, PDB-8ve8:
Lineage IV Lassa virus glycoprotein (Josiah) in complex with rabbit polyclonal antibody (GP1-A epitope)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.8 Å

EMDB-43174: GPCysRRLL-I53-50A in complex with rabbit 187 wk 30 GPC-A, base, and fusion peptide epitope pAbs
手法: EM (単粒子) / 解像度: 25.0 Å

EMDB-43175: GPCysRRLL-I53-50A in complex with rabbit 187 wk 18 GPC-A, base, and fusion peptide epitope pAbs
手法: EM (単粒子) / 解像度: 25.0 Å

EMDB-43176: GPCysRRLL-I53-50A in complex with rabbit 188 wk 30 base epitope pAbs
手法: EM (単粒子) / 解像度: 25.0 Å

EMDB-43177: GPCysRRLL-I53-50A in complex with rabbit 189 wk 30 GPC-A and base epitope pAbs
手法: EM (単粒子) / 解像度: 25.0 Å

EMDB-43178: GPCysRRLL-I53-50A in complex with rabbit 189 wk 18 GPC-A and base epitope pAbs
手法: EM (単粒子) / 解像度: 25.0 Å

EMDB-43179: GPCysRRLL-I53-50A in complex with rabbit 190 wk 30 fusion peptide and base epitope pAbs
手法: EM (単粒子) / 解像度: 25.0 Å

EMDB-43180: GPCysRRLL-I53-50A in complex with rabbit 191 wk 30 base epitope pAbs
手法: EM (単粒子) / 解像度: 25.0 Å

EMDB-43181: GPCysRRLL-I53-50A in complex with rabbit 192 wk 30 base and fusion peptide epitope pAbs
手法: EM (単粒子) / 解像度: 25.0 Å

EMDB-43182: GPCysRRLL-I53-50A in complex with base-targeting mAb LAVA05
手法: EM (単粒子) / 解像度: 25.0 Å

EMDB-43183: GPCysRRLL-I53-50A in complex with base-targeting mAb LAVA06
手法: EM (単粒子) / 解像度: 25.0 Å

EMDB-45624, PDB-9cj7:
Lineage IV Lassa virus glycoprotein (Josiah) in complex with monoclonal antibody 8.9F
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

EMDB-45625, PDB-9cj8:
Lineage IV Lassa virus glycoprotein (Josiah) in complex with rabbit polyclonal antibody (LAVA01-like epitope)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.74 Å

EMDB-45643, PDB-9ck7:
Lineage IV Lassa virus glycoprotein (Josiah) in complex with polyclonal antibody (GPC-A epitope) from rabbit 187
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.45 Å

EMDB-45644, PDB-9ck8:
Lineage IV Lassa virus glycoprotein (Josiah) in complex with polyclonal antibody (GPC-A epitope) from rabbit 189
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.04 Å

EMDB-45905: Lineage IV Lassa virus glycoprotein (Josiah) in complex with polyclonal antibody (Base-2 epitope) from rabbit 190
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

化合物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

由来
  • lassa virus josiah (ウイルス)
  • oryctolagus cuniculus (ウサギ)
  • lassa virus (strain mouse/sierra leone/josiah/1976) (ウイルス)
  • thermotoga maritima (strain atcc 43589 / dsm 3109 / jcm 10099 / nbrc 100826 / msb8) (バクテリア)
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / Lassa virus glycoprotein complex / GPC / immune complex / antibody / polyclonal antibody / base antibody / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex / Lassa / GPC-C / glycoprotein / GP1-A / monoclonal antibody / 8.9F / LL-1 / GPC-A

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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