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タイトルConformations of Bcs1L undergoing ATP hydrolysis suggest a concerted translocation mechanism for folded iron-sulfur protein substrate.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 15, Issue 1, Page 4655, Year 2024
掲載日2024年5月31日
著者Jingyu Zhan / Allison Zeher / Rick Huang / Wai Kwan Tang / Lisa M Jenkins / Di Xia /
PubMed 要旨The human AAA-ATPase Bcs1L translocates the fully assembled Rieske iron-sulfur protein (ISP) precursor across the mitochondrial inner membrane, enabling respiratory Complex III assembly. Exactly how ...The human AAA-ATPase Bcs1L translocates the fully assembled Rieske iron-sulfur protein (ISP) precursor across the mitochondrial inner membrane, enabling respiratory Complex III assembly. Exactly how the folded substrate is bound to and released from Bcs1L has been unclear, and there has been ongoing debate as to whether subunits of Bcs1L act in sequence or in unison hydrolyzing ATP when moving the protein cargo. Here, we captured Bcs1L conformations by cryo-EM during active ATP hydrolysis in the presence or absence of ISP substrate. In contrast to the threading mechanism widely employed by AAA proteins in substrate translocation, subunits of Bcs1L alternate uniformly between ATP and ADP conformations without detectable intermediates that have different, co-existing nucleotide states, indicating that the subunits act in concert. We further show that the ISP can be trapped by Bcs1 when its subunits are all in the ADP-bound state, which we propose to be released in the apo form.
リンクNat Commun / PubMed:38821922 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.02 - 7.2 Å
構造データ

40954

8t14

EMDB-40954, PDB-8t14:
ADP-bound Bcs1 (C7 symmetrized)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.18 Å

41061

8t5u

EMDB-41061, PDB-8t5u:
ATP-1 state of Bcs1 (C7 symmetrized)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.13 Å

41095

8t7u

EMDB-41095, PDB-8t7u:
ADP-bound Bcs1 (unsymmetrized)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.74 Å

41148

8tby

EMDB-41148, PDB-8tby:
Apo Bcs1, unsymmetrized
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.4 Å

41276

8ti0

EMDB-41276, PDB-8ti0:
ATP-1 state of Bcs1 (unsymmetrized)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.77 Å

41462

8tp1

EMDB-41462, PDB-8tp1:
ATP-2 state of Bcs1 (C7 symmetrized)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.02 Å

41476

8tpl

EMDB-41476, PDB-8tpl:
ATP-2 state of Bcs1 (unsymmetrized)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.46 Å

EMDB-41609: Bcs1 bound with ISP-ED
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.2 Å

化合物

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

由来
  • mus musculus (ハツカネズミ)
  • Bos taurus (ウシ)
キーワードTRANSLOCASE / Heptamer / AAA-ATPase / ADP-bound / ATP-bound

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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