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Structure paper

タイトルStructure of a dimeric full-length ABC transporter.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 15, Issue 1, Page 9946, Year 2024
掲載日2024年11月16日
著者Sarah C Bickers / Samir Benlekbir / John L Rubinstein / Voula Kanelis /
PubMed 要旨Activities of ATP binding cassette (ABC) proteins are regulated by multiple mechanisms, including protein interactions, phosphorylation, proteolytic processing, and/or oligomerization of the ABC ...Activities of ATP binding cassette (ABC) proteins are regulated by multiple mechanisms, including protein interactions, phosphorylation, proteolytic processing, and/or oligomerization of the ABC protein itself. Here we present the structure of yeast cadmium factor 1 (Ycf1p) in its mature form following cleavage by Pep4p protease. Ycf1p, a C subfamily ABC protein (ABCC), is homologue of human multidrug resistance protein 1. Remarkably, a portion of cleaved Ycf1p forms a well-ordered dimer, alongside monomeric particles also present in solution. While numerous other ABC proteins have been proposed to dimerize, no high-resolution structures have been reported. Both phosphorylation of the regulatory (R) region and ATPase activity are lower in the Ycf1p dimer compared to the monomer, indicating that dimerization affects Ycf1p function. The interface between Ycf1p protomers features protein-protein interactions and contains bound lipids, suggesting that lipids stabilize the dimer. The Ycf1p dimer structure may inform the dimerization interfaces of other ABCC dimers.
リンクNat Commun / PubMed:39550367 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.1 - 3.4 Å
構造データ

40692

8sq0

EMDB-40692, PDB-8sq0:
Cleaved Ycf1p Dimer in the IFwide-beta conformation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

40709

8sql

EMDB-40709, PDB-8sql:
Cleaved Ycf1p Monomer in the Beta Conformation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

40710

8sqm

EMDB-40710, PDB-8sqm:
Cleaved Ycf1p Monomer in the IFwide-alpha conformation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

化合物

ChemComp-PTY:
PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / リン脂質*YM

ChemComp-GP7:
(1R)-2-{[(S)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(pentadecanoyloxy)methyl]ethyl (12E)-hexadeca-9,12-dienoate

ChemComp-LPP:
2-(HEXADECANOYLOXY)-1-[(PHOSPHONOOXY)METHYL]ETHYL HEXADECANOATE / ジパルミトイルホスファチジン酸 / リン脂質*YM

ChemComp-8PE:
(2R)-3-{[(S)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-2-(tetradecanoyloxy)propyl octadecanoate / リン脂質*YM

由来
  • saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
キーワードTRANSPORT PROTEIN / ABC transporter / Dimer

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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