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タイトルVisualizing the chaperone-mediated folding trajectory of the G protein β5 β-propeller.
ジャーナル・号・ページMol Cell, Vol. 83, Issue 21, Page 3852-33868.e6, Year 2023
掲載日2023年11月2日
著者Shuxin Wang / Mikaila I Sass / Yujin Kwon / W Grant Ludlam / Theresa M Smith / Ethan J Carter / Nathan E Gladden / Margot Riggi / Janet H Iwasa / Barry M Willardson / Peter S Shen /
PubMed 要旨The Chaperonin Containing Tailless polypeptide 1 (CCT) complex is an essential protein folding machine with a diverse clientele of substrates, including many proteins with β-propeller domains. Here, ...The Chaperonin Containing Tailless polypeptide 1 (CCT) complex is an essential protein folding machine with a diverse clientele of substrates, including many proteins with β-propeller domains. Here, we determine the structures of human CCT in complex with its accessory co-chaperone, phosducin-like protein 1 (PhLP1), in the process of folding Gβ, a component of Regulator of G protein Signaling (RGS) complexes. Cryoelectron microscopy (cryo-EM) and image processing reveal an ensemble of distinct snapshots that represent the folding trajectory of Gβ from an unfolded molten globule to a fully folded β-propeller. These structures reveal the mechanism by which CCT directs Gβ folding through initiating specific intermolecular contacts that facilitate the sequential folding of individual β sheets until the propeller closes into its native structure. This work directly visualizes chaperone-mediated protein folding and establishes that CCT orchestrates folding by stabilizing intermediates through interactions with surface residues that permit the hydrophobic core to coalesce into its folded state.
リンクMol Cell / PubMed:37852256 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.7 - 3.7 Å
構造データ

EMDB-40439, PDB-8sfe:
Open state CCT-G beta 5 complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.36 Å

EMDB-40440, PDB-8sff:
CCT G beta 5 complex closed state 0
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

EMDB-40452, PDB-8sg8:
CCT G beta 5 complex closed state 1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

EMDB-40453, PDB-8sg9:
CCT G beta 5 complex closed state 3
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

EMDB-40454, PDB-8sgc:
CCT G beta 5 complex closed state 2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

EMDB-40461, PDB-8sgl:
CCT G beta 5 complex closed state 15
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

EMDB-40464, PDB-8sgq:
CCT G beta 5 complex intermediate state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

EMDB-40481, PDB-8sh9:
CCT G beta 5 complex best PhLP1 class
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.7 Å

EMDB-40482, PDB-8sha:
CCT-G beta 5 complex closed state 4
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

EMDB-40484, PDB-8shd:
CCT G beta 5 complex closed state 10
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

EMDB-40485, PDB-8she:
CCT-G beta 5 complex closed state 8
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.8 Å

EMDB-40486, PDB-8shf:
CCT-G beta 5 complex closed state 7
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

EMDB-40487, PDB-8shg:
CCT G beta 5 complex closed state 9
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.8 Å

EMDB-40488, PDB-8shl:
CCT G beta 5 complex closed state 5
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

EMDB-40489, PDB-8shn:
CCT-G beta 5 complex closed state 6
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.8 Å

EMDB-40490, PDB-8sho:
CCT G beta 5 complex close state 11
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

EMDB-40491, PDB-8shp:
CCT G beta 5 complex closed state 13
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

EMDB-40492, PDB-8shq:
CCT G beta 5 complex closed state 12
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

EMDB-40494, PDB-8sht:
CCT G beta 5 complex closed state 14
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

化合物

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-AF3:
ALUMINUM FLUORIDE / トリフルオロアルミニウム

ChemComp-HOH:
WATER

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードCHAPERONE / CCT / Gb5 / complex / open

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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