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タイトルPaenilamicins from the honey bee pathogen are context-specific translocation inhibitors of protein synthesis.
ジャーナル・号・ページbioRxiv, Year 2024
掲載日2024年5月21日
著者Timm O Koller / Max J Berger / Martino Morici / Helge Paternoga / Timur Bulatov / Adriana Di Stasi / Tam Dang / Andi Mainz / Karoline Raulf / Caillan Crowe-McAuliffe / Marco Scocchi / Mario Mardirossian / Bertrand Beckert / Nora Vázquez-Laslop / Alexander Mankin / Roderich D Süssmuth / Daniel N Wilson /
PubMed 要旨The paenilamicins are a group of hybrid non-ribosomal peptide-polyketide compounds produced by the honey bee pathogen that display activity against Gram-positive pathogens, such as . While ...The paenilamicins are a group of hybrid non-ribosomal peptide-polyketide compounds produced by the honey bee pathogen that display activity against Gram-positive pathogens, such as . While paenilamicins have been shown to inhibit protein synthesis, their mechanism of action has remained unclear. Here, we have determined structures of the paenilamicin PamB2 stalled ribosomes, revealing a unique binding site on the small 30S subunit located between the A- and P-site tRNAs. In addition to providing a precise description of interactions of PamB2 with the ribosome, the structures also rationalize the resistance mechanisms utilized by . We could further demonstrate that PamB2 interferes with the translocation of mRNA and tRNAs through the ribosome during translation elongation, and that this inhibitory activity is influenced by the presence of modifications at position 37 of the A-site tRNA. Collectively, our study defines the paenilamicins as a new class of context-specific translocation inhibitors.
リンクbioRxiv / PubMed:38826346 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.2 - 2.4 Å
構造データ

18950

8r6c

EMDB-18950, PDB-8r6c:
70S Escherichia coli ribosome with Paenilamicin B2 bound with A- and P-site tRNA.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.2 Å

19004

8r8m

EMDB-19004, PDB-8r8m:
70S Escherichia coli ribosome with Paenilamicin B2 bound with hybrid A/P- and hybrid P/E-tRNA.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.4 Å

50296

9fbv

EMDB-50296, PDB-9fbv:
70S Escherichia coli ribosome with P-site initiatior tRNA.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.4 Å

化合物

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-K:
Unknown entry / カリウムカチオン

ChemComp-HOH:
WATER

由来
  • escherichia coli bw25113 (大腸菌)
  • Paenibacillus larvae (バクテリア)
  • synthetic construct (人工物)
キーワードRIBOSOME / 70S / Paenilamicin / Antibiotic / Initiation / fMet

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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