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タイトルBoric acid intercepts 80S ribosome migration from AUG-stop by stabilizing eRF1.
ジャーナル・号・ページNat Chem Biol, Vol. 20, Issue 5, Page 605-614, Year 2024
掲載日2024年1月24日
著者Mayuki Tanaka / Takeshi Yokoyama / Hironori Saito / Madoka Nishimoto / Kengo Tsuda / Naoyuki Sotta / Hideki Shigematsu / Mikako Shirouzu / Shintaro Iwasaki / Takuhiro Ito / Toru Fujiwara /
PubMed 要旨In response to environmental changes, cells flexibly and rapidly alter gene expression through translational controls. In plants, the translation of NIP5;1, a boric acid diffusion facilitator, is ...In response to environmental changes, cells flexibly and rapidly alter gene expression through translational controls. In plants, the translation of NIP5;1, a boric acid diffusion facilitator, is downregulated in response to an excess amount of boric acid in the environment through upstream open reading frames (uORFs) that consist of only AUG and stop codons. However, the molecular details of how this minimum uORF controls translation of the downstream main ORF in a boric acid-dependent manner have remained unclear. Here, by combining ribosome profiling, translation complex profile sequencing, structural analysis with cryo-electron microscopy and biochemical assays, we show that the 80S ribosome assembled at AUG-stop migrates into the subsequent RNA segment, followed by downstream translation initiation, and that boric acid impedes this process by the stable confinement of eukaryotic release factor 1 on the 80S ribosome on AUG-stop. Our results provide molecular insight into translation regulation by a minimum and environment-responsive uORF.
リンクNat Chem Biol / PubMed:38267667
手法EM (単粒子)
解像度2.9 - 3.7 Å
構造データ

35634

8ip8

EMDB-35634, PDB-8ip8:
Wheat 80S ribosome stalled on AUG-Stop boron dependently
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

35635

8ip9

EMDB-35635, PDB-8ip9:
Wheat 40S ribosome in complex with a tRNAi
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

EMDB-35636: Wheat 40S ribosome in complex with a tRNAi and eIF2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

35637

8ipa

EMDB-35637, PDB-8ipa:
Wheat 80S ribosome stalled on AUG-Stop boron dependently with cycloheximide
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

35638

8ipb

EMDB-35638, PDB-8ipb:
Wheat 80S ribosome pausing on AUG-Stop with cycloheximide
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

化合物

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-3HE:
4-{(2R)-2-[(1S,3S,5S)-3,5-dimethyl-2-oxocyclohexyl]-2-hydroxyethyl}piperidine-2,6-dione / シクロヘキシミド

由来
  • triticum aestivum (コムギ)
  • oryza sativa (イネ)
キーワードTRANSLATION / ribosome

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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