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タイトルMolecular mechanism of substrate recognition by folate transporter SLC19A1.
ジャーナル・号・ページCell Discov, Vol. 8, Issue 1, Page 141, Year 2022
掲載日2022年12月28日
著者Yu Dang / Dong Zhou / Xiaojuan Du / Hongtu Zhao / Chia-Hsueh Lee / Jing Yang / Yijie Wang / Changdong Qin / Zhenxi Guo / Zhe Zhang /
PubMed 要旨Folate (vitamin B) is the coenzyme involved in one-carbon transfer biochemical reactions essential for cell survival and proliferation, with its inadequacy causing developmental defects or severe ...Folate (vitamin B) is the coenzyme involved in one-carbon transfer biochemical reactions essential for cell survival and proliferation, with its inadequacy causing developmental defects or severe diseases. Notably, mammalian cells lack the ability to de novo synthesize folate but instead rely on its intake from extracellular sources via specific transporters or receptors, among which SLC19A1 is the ubiquitously expressed one in tissues. However, the mechanism of substrate recognition by SLC19A1 remains unclear. Here we report the cryo-EM structures of human SLC19A1 and its complex with 5-methyltetrahydrofolate at 3.5-3.6 Å resolution and elucidate the critical residues for substrate recognition. In particular, we reveal that two variant residues among SLC19 subfamily members designate the specificity for folate. Moreover, we identify intracellular thiamine pyrophosphate as the favorite coupled substrate for folate transport by SLC19A1. Together, this work establishes the molecular basis of substrate recognition by this central folate transporter.
リンクCell Discov / PubMed:36575193 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.54 - 3.72 Å
構造データ

34817

8hii

EMDB-34817, PDB-8hii:
The BRIL-SLC19A1/Fab/Nb ternary complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.57 Å

34818

8hij

EMDB-34818, PDB-8hij:
The 5-MTHF-bound BRIL-SLC19A1/Fab/Nb ternary complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.54 Å

34819

8hik

EMDB-34819, PDB-8hik:
The TPP-bound BRIL-SLC19A1/Fab/Nb ternary complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.72 Å

化合物

ChemComp-THH:
N-[4-({[(6S)-2-AMINO-4-HYDROXY-5-METHYL-5,6,7,8-TETRAHYDROPTERIDIN-6-YL]METHYL}AMINO)BENZOYL]-L-GLUTAMIC ACID / (6S)-5-メチルテトラヒドロ葉酸

ChemComp-TPP:
THIAMINE DIPHOSPHATE / 3-[(4-アミノ-2-メチル-5-ピリミジニル)メチル]-4-メチル-5-[2-(ホスホノオキシホスフィナトオキシ)(以下略)

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • lama glama (ラマ)
  • escherichia coli (大腸菌)
キーワードTRANSPORT PROTEIN / SLC19A1 / RFC / transporter / folates / BRIL / 5-MTHF / TPP

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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