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タイトルDnaQ mediates directional spacer acquisition in the CRISPR-Cas system by a time-dependent mechanism.
ジャーナル・号・ページInnovation (Camb), Vol. 4, Issue 5, Page 100495, Year 2023
掲載日2023年9月11日
著者Dongmei Tang / Tingting Jia / Yongbo Luo / Biqin Mou / Jie Cheng / Shiqian Qi / Shaohua Yao / Zhaoming Su / Yamei Yu / Qiang Chen /
PubMed 要旨In the spacer acquisition stage of CRISPR-Cas immunity, spacer orientation and protospacer adjacent motif (PAM) removal are two prerequisites for functional spacer integration. Cas4 has been ...In the spacer acquisition stage of CRISPR-Cas immunity, spacer orientation and protospacer adjacent motif (PAM) removal are two prerequisites for functional spacer integration. Cas4 has been implicated in both processing the prespacer and determining the spacer orientation. In Cas4-lacking systems, host 3'-5' DnaQ family exonucleases were recently reported to play a Cas4-like role. However, the molecular details of DnaQ functions remain elusive. Here, we characterized the spacer acquisition of the adaptation module of the type I-E system, in which a DnaQ domain naturally fuses with Cas2. We presented X-ray crystal structures and cryo-electron microscopy structures of this adaptation module. Our biochemical data showed that DnaQ trimmed PAM-containing and PAM-deficient overhangs with different efficiencies. Based on these results, we proposed a time-dependent model for DnaQ-mediated spacer acquisition to elucidate PAM removal and spacer orientation determination in Cas4-lacking CRISPR-Cas systems.
リンクInnovation (Camb) / PubMed:37663930 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / X線回折
解像度1.448 - 4.12 Å
構造データ

34809

8hi1

EMDB-34809, PDB-8hi1:
Streptococcus thermophilus Cas1-Cas2- prespacer ternary complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.09 Å

EMDB-34810: Streptococcus thermophilus Cas1-Cas2-DnaQ-prespacer complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.92 Å

EMDB-34811: Streptococcus thermophilus Cas1-Cas2-DnaQ-prespacer complex, conformation2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.12 Å

PDB-8h18:
Crystal structure of DnaQ domain of Streptococcus thermophilus strain DGCC 7710
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.499 Å

PDB-8h2f:
Crystal structure of DnaQ domain in complex witn TMP of Streptococcus thermophilus strain DGCC 7710
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.448 Å

化合物

ChemComp-GOL:
GLYCEROL / グリセロ-ル

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-HOH:
WATER

ChemComp-TMP:
THYMIDINE-5'-PHOSPHATE / TMP

由来
  • streptococcus thermophilus dgcc 7710 (ストレプトコッカス・サリバリウス 亜種 サーモフィラス)
  • phage #d (ファージ)
  • Streptococcus thermophilus (ストレプトコッカス・サリバリウス 亜種 サーモフィラス)
キーワードLYASE / nuclease / IMMUNE SYSTEM / CRISPR / cas / adaptation

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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