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タイトルInactivated vaccine-elicited potent antibodies can broadly neutralize SARS-CoV-2 circulating variants.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 14, Issue 1, Page 2179, Year 2023
掲載日2023年4月17日
著者Yubin Liu / Ziyi Wang / Xinyu Zhuang / Shengnan Zhang / Zhicheng Chen / Yan Zou / Jie Sheng / Tianpeng Li / Wanbo Tai / Jinfang Yu / Yanqun Wang / Zhaoyong Zhang / Yunfeng Chen / Liangqin Tong / Xi Yu / Linjuan Wu / Dong Chen / Renli Zhang / Ningyi Jin / Weijun Shen / Jincun Zhao / Mingyao Tian / Xinquan Wang / Gong Cheng /
PubMed 要旨A full understanding of the inactivated COVID-19 vaccine-mediated antibody responses to SARS-CoV-2 circulating variants will inform vaccine effectiveness and vaccination development strategies. Here, ...A full understanding of the inactivated COVID-19 vaccine-mediated antibody responses to SARS-CoV-2 circulating variants will inform vaccine effectiveness and vaccination development strategies. Here, we offer insights into the inactivated vaccine-induced antibody responses after prime-boost vaccination at both the polyclonal and monoclonal levels. We characterized the VDJ sequence of 118 monoclonal antibodies (mAbs) and found that 20 neutralizing mAbs showed varied potency and breadth against a range of variants including XBB.1.5, BQ.1.1, and BN.1. Bispecific antibodies (bsAbs) based on nonoverlapping mAbs exhibited enhanced neutralizing potency and breadth against the most antibody-evasive strains, such as XBB.1.5, BQ.1.1, and BN.1. The passive transfer of mAbs or their bsAb effectively protected female hACE2 transgenic mice from challenge with an infectious Delta or Omicron BA.2 variant. The neutralization mechanisms of these antibodies were determined by structural characterization. Overall, a broad spectrum of potent and distinct neutralizing antibodies can be induced in individuals immunized with the SARS-CoV-2 inactivated vaccine BBIBP-CorV, suggesting the application potential of inactivated vaccines and these antibodies for preventing infection by SARS-CoV-2 circulating variants.
リンクNat Commun / PubMed:37069158 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / X線回折
解像度2.1 - 3.3 Å
構造データ

33133

7xd2

EMDB-33133, PDB-7xd2:
SARS-CoV-2 S ectodomain trimer in complex with neutralizing antibody 10-5B
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

34410

8h07

EMDB-34410, PDB-8h07:
SARS-CoV-2 BA.4 variants S ectodomain trimer in complex with neutralizing antibody 10-5B and 6-2C
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

34411

8h08

EMDB-34411, PDB-8h08:
SARS-CoV-2 BA.1 variants S ectodomain trimer in complex with neutralizing antibody 10-5B and 6-2C
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

PDB-7x2h:
Crystal structure of SARS-CoV-2 spike receptor-binding domain bound with 6-2C Fab
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.1 Å

化合物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

ChemComp-HOH:
WATER

由来
  • severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / SARS-CoV-2 / antibody / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex / SARS-CoV-2 BA.4 / VIRUS / SARS-CoV-2 BA.1

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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