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Structure paper

タイトルMembrane protein isolation and structure determination in cell-derived membrane vesicles.
ジャーナル・号・ページProc Natl Acad Sci U S A, Vol. 120, Issue 18, Page e2302325120, Year 2023
掲載日2023年5月2日
著者Xiao Tao / Chen Zhao / Roderick MacKinnon /
PubMed 要旨Integral membrane protein structure determination traditionally requires extraction from cell membranes using detergents or polymers. Here, we describe the isolation and structure determination of ...Integral membrane protein structure determination traditionally requires extraction from cell membranes using detergents or polymers. Here, we describe the isolation and structure determination of proteins in membrane vesicles derived directly from cells. Structures of the ion channel Slo1 from total cell membranes and from cell plasma membranes were determined at 3.8 Å and 2.7 Å resolution, respectively. The plasma membrane environment stabilizes Slo1, revealing an alteration of global helical packing, polar lipid, and cholesterol interactions that stabilize previously unresolved regions of the channel and an additional ion binding site in the Ca regulatory domain. The two methods presented enable structural analysis of both internal and plasma membrane proteins without disrupting weakly interacting proteins, lipids, and cofactors that are essential to biological function.
リンクProc Natl Acad Sci U S A / PubMed:37098056 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.7 - 3.8 Å
構造データ

40038

8gh9

EMDB-40038, PDB-8gh9:
Cryo-EM structure of hSlo1 in total membrane vesicles
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

40044

8ghf

EMDB-40044, PDB-8ghf:
cryo-EM structure of hSlo1 in plasma membrane vesicles
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.7 Å

40045

8ghg

EMDB-40045, PDB-8ghg:
Cryo-EM structure of hSlo1 in digitonin, Ca2+-free and EDTA-free
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

化合物

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-CA:
Unknown entry / カルシウムジカチオン

ChemComp-POV:
(2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate / リン脂質*YM

ChemComp-CLR:
CHOLESTEROL / コレステロ-ル

ChemComp-NA:
Unknown entry / ナトリウムカチオン

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Slo1 / BK channel / Ca2+- and voltage-activated K+ channel / ion channel / toal cell membrane vesicles / plasma membrane vesicles

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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