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タイトルStructure of Anabaena flos-aquae gas vesicles revealed by cryo-ET.
ジャーナル・号・ページStructure, Vol. 31, Issue 5, Page 518-528.e6, Year 2023
掲載日2023年5月4日
著者Przemysław Dutka / Lauren Ann Metskas / Robert C Hurt / Hossein Salahshoor / Ting-Yu Wang / Dina Malounda / George J Lu / Tsui-Fen Chou / Mikhail G Shapiro / Grant J Jensen /
PubMed 要旨Gas vesicles (GVs) are gas-filled protein nanostructures employed by several species of bacteria and archaea as flotation devices to enable access to optimal light and nutrients. The unique physical ...Gas vesicles (GVs) are gas-filled protein nanostructures employed by several species of bacteria and archaea as flotation devices to enable access to optimal light and nutrients. The unique physical properties of GVs have led to their use as genetically encodable contrast agents for ultrasound and MRI. Currently, however, the structure and assembly mechanism of GVs remain unknown. Here we employ cryoelectron tomography to reveal how the GV shell is formed by a helical filament of highly conserved GvpA subunits. This filament changes polarity at the center of the GV cylinder, a site that may act as an elongation center. Subtomogram averaging reveals a corrugated pattern of the shell arising from polymerization of GvpA into a β sheet. The accessory protein GvpC forms a helical cage around the GvpA shell, providing structural reinforcement. Together, our results help explain the remarkable mechanical properties of GVs and their ability to adopt different diameters and shapes.
リンクStructure / PubMed:37040766 / PubMed Central
手法EM (サブトモグラム平均) / EM (トモグラフィー)
解像度8.0 Å
構造データ

EMDB-29916: Subtomogram average of the AnaS GV shell
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 8.0 Å

29921

8gbs

EMDB-29921: Subtomogram average of the native Ana GV shell
PDB-8gbs: Integrative model of the native Ana GV shell
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 8.0 Å

EMDB-29922: Cryo-tomogram of the native Ana GV
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-29923: Cryo-tomogram of the Halo GV (c-vac)
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-29924: Cryo-tomogram of Halo GV (p-vac)
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-29925: Cryo-tomogram of the Mega GVs
手法: EM (トモグラフィー)

由来
  • dolichospermum flos-aquae (バクテリア)
  • Halobacterium salinarum NRC-1 (好塩性)
キーワードCYTOSOLIC PROTEIN / Gas vesicles / Flotation / cyanobacteria

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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