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タイトルMolecular basis of the pleiotropic effects by the antibiotic amikacin on the ribosome.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 14, Issue 1, Page 4666, Year 2023
掲載日2023年8月3日
著者Savannah M Seely / Narayan P Parajuli / Arindam De Tarafder / Xueliang Ge / Suparna Sanyal / Matthieu G Gagnon /
PubMed 要旨Aminoglycosides are a class of antibiotics that bind to ribosomal RNA and exert pleiotropic effects on ribosome function. Amikacin, the semisynthetic derivative of kanamycin, is commonly used for ...Aminoglycosides are a class of antibiotics that bind to ribosomal RNA and exert pleiotropic effects on ribosome function. Amikacin, the semisynthetic derivative of kanamycin, is commonly used for treating severe infections with multidrug-resistant, aerobic Gram-negative bacteria. Amikacin carries the 4-amino-2-hydroxy butyrate (AHB) moiety at the N amino group of the central 2-deoxystreptamine (2-DOS) ring, which may confer amikacin a unique ribosome inhibition profile. Here we use in vitro fast kinetics combined with X-ray crystallography and cryo-EM to dissect the mechanisms of ribosome inhibition by amikacin and the parent compound, kanamycin. Amikacin interferes with tRNA translocation, release factor-mediated peptidyl-tRNA hydrolysis, and ribosome recycling, traits attributed to the additional interactions amikacin makes with the decoding center. The binding site in the large ribosomal subunit proximal to the 3'-end of tRNA in the peptidyl (P) site lays the groundwork for rational design of amikacin derivatives with improved antibacterial properties.
リンクNat Commun / PubMed:37537169 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / X線回折
解像度2.89 - 2.946 Å
構造データ

40882

8syl

EMDB-40882, PDB-8syl:
Cryo-EM structure of the Escherichia coli 70S ribosome in complex with amikacin, mRNA, and A-, P-, and E-site tRNAs
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

PDB-8ev6:
Crystal structure of the Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with amikacin, mRNA, and A-, P-, and E-site tRNAs
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.946 Å

PDB-8ev7:
Crystal structure of the Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with kanamycin, mRNA, and A-, P-, and E-site tRNAs
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.89 Å

化合物

ChemComp-MG:
Unknown entry

ChemComp-AKN:
(2S)-N-[(1R,2S,3S,4R,5S)-4-[(2R,3R,4S,5S,6R)-6-(aminomethyl)-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-5-azanyl-2-[(2S,3R,4S,5S / 薬剤, 抗生剤*YM

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-SF4:
IRON/SULFUR CLUSTER

ChemComp-HOH:
WATER

ChemComp-KAN:
KANAMYCIN A / 抗生剤*YM

ChemComp-PHE:
PHENYLALANINE

由来
  • escherichia coli (大腸菌)
  • escherichia phage t4 (ファージ)
  • thermus thermophilus hb8 (バクテリア)
キーワードRIBOSOME / Amikacin / antibiotic / aminoglycoside / 70S ribosome / inhibitor / tRNA / Kanamycin / cryo-EM

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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