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Structure paper

タイトルFunctional and structural insights into activation of TRPV2 by weak acids.
ジャーナル・号・ページEMBO J, Vol. 43, Issue 11, Page 2264-2290, Year 2024
掲載日2024年4月26日
著者Ferdinand M Haug / Ruth A Pumroy / Akshay Sridhar / Sebastian Pantke / Florian Dimek / Tabea C Fricke / Axel Hage / Christine Herzog / Frank G Echtermeyer / Jeanne de la Roche / Adrian Koh / Abhay Kotecha / Rebecca J Howard / Erik Lindahl / Vera Moiseenkova-Bell / Andreas Leffler /
PubMed 要旨Transient receptor potential (TRP) ion channels are involved in the surveillance or regulation of the acid-base balance. Here, we demonstrate that weak carbonic acids, including acetic acid, lactic ...Transient receptor potential (TRP) ion channels are involved in the surveillance or regulation of the acid-base balance. Here, we demonstrate that weak carbonic acids, including acetic acid, lactic acid, and CO activate and sensitize TRPV2 through a mechanism requiring permeation through the cell membrane. TRPV2 channels in cell-free inside-out patches maintain weak acid-sensitivity, but protons applied on either side of the membrane do not induce channel activation or sensitization. The involvement of proton modulation sites for weak acid-sensitivity was supported by the identification of titratable extracellular (Glu495, Glu561) and intracellular (His521) residues on a cryo-EM structure of rat TRPV2 (rTRPV2) treated with acetic acid. Molecular dynamics simulations as well as patch clamp experiments on mutant rTRPV2 constructs confirmed that these residues are critical for weak acid-sensitivity. We also demonstrate that the pore residue Glu609 dictates an inhibition of weak acid-induced currents by extracellular calcium. Finally, TRPV2-expression in HEK293 cells is associated with an increased weak acid-induced cytotoxicity. Together, our data provide new insights into weak acids as endogenous modulators of TRPV2.
リンクEMBO J / PubMed:38671253 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.6 - 3.1 Å
構造データ

28209

8ekp

EMDB-28209, PDB-8ekp:
Apo rat TRPV2 in nanodiscs, state 1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.75 Å

28210

8ekq

EMDB-28210, PDB-8ekq:
Apo rat TRPV2 in nanodiscs, state 2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.6 Å

28211

8ekr

EMDB-28211, PDB-8ekr:
Apo rat TRPV2 in nanodiscs, state 3
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

28212

8eks

EMDB-28212, PDB-8eks:
rat TRPV2 in nanodiscs in the presence of weak acid at pH 5
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

化合物

ChemComp-PEX:
1,2-DIDECANOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOETHANOLAMINE

由来
  • rattus norvegicus (ドブネズミ)
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Ion channel / TRP channel / Membrane protein / tetramer

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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