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タイトルCryo-EM structures of the active NLRP3 inflammasome disc.
ジャーナル・号・ページNature, Vol. 613, Issue 7944, Page 595-600, Year 2023
掲載日2022年11月28日
著者Le Xiao / Venkat Giri Magupalli / Hao Wu /
PubMed 要旨Inflammasomes are cytosolic innate immune complexes that activate caspase-1 following detection of pathogenic and endogenous dangers, and NACHT-, leucine-rich repeat (LRR)- and pyrin domain (PYD)- ...Inflammasomes are cytosolic innate immune complexes that activate caspase-1 following detection of pathogenic and endogenous dangers, and NACHT-, leucine-rich repeat (LRR)- and pyrin domain (PYD)-containing protein  3 (NLRP3) is an inflammasome sensor of membrane damage highly important in regard to the induction of inflammation. Here we report cryogenic electron microscopy structures of disc-shaped active NLRP3 oligomers in complex with adenosine 5'-O-(3-thio)triphosphate, the centrosomal NIMA-related kinase 7 (NEK7) and the adaptor protein ASC, which recruits caspase-1. In these NLRP3-NEK7-ASC complexes, the central NACHT domain of NLRP3 assumes an ATP-bound conformation in which two of its subdomains rotate by about 85° relative to the ADP-bound inactive conformation. The fish-specific NACHT-associated domain conserved in NLRP3 but absent in most NLRPs becomes ordered in its key regions to stabilize the active NACHT conformation and mediate most interactions in the disc. Mutations on these interactions compromise NLRP3-mediated caspase-1 activation. The N-terminal PYDs from all NLRP3 subunits combine to form a PYD filament that recruits ASC PYD to elicit downstream signalling. Surprisingly, the C-terminal LRR domain and the LRR-bound NEK7 do not participate in disc interfaces. Together with previous structures of an inactive NLRP3 cage in which LRR-LRR interactions play an important role, we propose that the role of NEK7 is to break the inactive cage to transform NLRP3 into the active NLRP3 inflammasome disc.
リンクNature / PubMed:36442502 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.3 - 3.4 Å
構造データ

28175

8ej4

EMDB-28175, PDB-8ej4:
Cryo-EM structure of the active NLRP3 inflammasome disk
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

28560

8ert

EMDB-28560, PDB-8ert:
NLRP3 PYD filament
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

化合物

ChemComp-AGS:
PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / ATP-γ-S / ATP-gamma-S, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードImmune System/Transferase / Inflammasome / CYTOSOLIC PROTEIN / Immune System-Transferase complex / IMMUNE SYSTEM / cytosolic protein-transferase complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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