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Structure paper

タイトルStructural basis for antibody-mediated neutralization of lymphocytic choriomeningitis virus.
ジャーナル・号・ページCell Chem Biol, Vol. 30, Issue 4, Page 403-411.e4, Year 2023
掲載日2023年4月20日
著者Alex Moon-Walker / Zeli Zhang / Dawid S Zyla / Tierra K Buck / Haoyang Li / Ruben Diaz Avalos / Sharon L Schendel / Kathryn M Hastie / Shane Crotty / Erica Ollmann Saphire /
PubMed 要旨The mammarenavirus lymphocytic choriomeningitis virus (LCMV) is a globally distributed zoonotic pathogen that can be lethal in immunocompromised patients and can cause severe birth defects if ...The mammarenavirus lymphocytic choriomeningitis virus (LCMV) is a globally distributed zoonotic pathogen that can be lethal in immunocompromised patients and can cause severe birth defects if acquired during pregnancy. The structure of the trimeric surface glycoprotein, essential for entry, vaccine design, and antibody neutralization, remains unknown. Here, we present the cryoelectron microscopy (cryo-EM) structure of the LCMV surface glycoprotein (GP) in its trimeric pre-fusion assembly both alone and in complex with a rationally engineered monoclonal neutralizing antibody termed 18.5C-M28 (M28). Additionally, we show that passive administration of M28, either as a prophylactic or therapeutic, protects mice from LCMV clone 13 (LCMV) challenge. Our study illuminates not only the overall structural organization of LCMV GP and the mechanism for its inhibition by M28 but also presents a promising therapeutic candidate to prevent severe or fatal disease in individuals who are at risk of infection by a virus that poses a threat worldwide.
リンクCell Chem Biol / PubMed:36990092 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.19 - 3.26 Å
構造データ

27538

8dmh

EMDB-27538, PDB-8dmh:
Lymphocytic choriomeningitis virus glycoprotein in complex with neutralizing antibody M28
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.19 Å

27539

8dmi

EMDB-27539, PDB-8dmi:
Lymphocytic choriomeningitis virus glycoprotein
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.26 Å

化合物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

由来
  • Lymphocytic choriomeningitis mammarenavirus (ウイルス)
  • homo sapiens (ヒト)
  • lymphocytic choriomeningitis virus (ウイルス)
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / Viral glycoprotein / arenavirus / LCMV / GP / antibody / neutralization / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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