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タイトルHuman neutralizing antibodies to cold linear epitopes and subdomain 1 of the SARS-CoV-2 spike glycoprotein.
ジャーナル・号・ページSci Immunol, Vol. 8, Issue 81, Page eade0958, Year 2023
掲載日2023年3月17日
著者Filippo Bianchini / Virginia Crivelli / Morgan E Abernathy / Concetta Guerra / Martin Palus / Jonathan Muri / Harold Marcotte / Antonio Piralla / Mattia Pedotti / Raoul De Gasparo / Luca Simonelli / Milos Matkovic / Chiara Toscano / Maira Biggiogero / Veronica Calvaruso / Pavel Svoboda / Tomás Cervantes Rincón / Tommaso Fava / Lucie Podešvová / Akanksha A Shanbhag / Andrea Celoria / Jacopo Sgrignani / Michal Stefanik / Vaclav Hönig / Veronika Pranclova / Tereza Michalcikova / Jan Prochazka / Giuditta Guerrini / Dora Mehn / Annalisa Ciabattini / Hassan Abolhassani / David Jarrossay / Mariagrazia Uguccioni / Donata Medaglini / Qiang Pan-Hammarström / Luigi Calzolai / Daniel Fernandez / Fausto Baldanti / Alessandra Franzetti-Pellanda / Christian Garzoni / Radislav Sedlacek / Daniel Ruzek / Luca Varani / Andrea Cavalli / Christopher O Barnes / Davide F Robbiani /
PubMed 要旨Emergence of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) variants diminishes the efficacy of vaccines and antiviral monoclonal antibodies. Continued development of immunotherapies ...Emergence of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) variants diminishes the efficacy of vaccines and antiviral monoclonal antibodies. Continued development of immunotherapies and vaccine immunogens resilient to viral evolution is therefore necessary. Using coldspot-guided antibody discovery, a screening approach that focuses on portions of the virus spike glycoprotein that are both functionally relevant and averse to change, we identified human neutralizing antibodies to highly conserved viral epitopes. Antibody fp.006 binds the fusion peptide and cross-reacts against coronaviruses of the four genera, including the nine human coronaviruses, through recognition of a conserved motif that includes the S2' site of proteolytic cleavage. Antibody hr2.016 targets the stem helix and neutralizes SARS-CoV-2 variants. Antibody sd1.040 binds to subdomain 1, synergizes with antibody rbd.042 for neutralization, and, similar to fp.006 and hr2.016, protects mice expressing human angiotensin-converting enzyme 2 against infection when present as a bispecific antibody. Thus, coldspot-guided antibody discovery reveals donor-derived neutralizing antibodies that are cross-reactive with Orthocoronavirinae, including SARS-CoV-2 variants.
リンクSci Immunol / PubMed:36701425 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / X線回折
解像度2 - 3.7 Å
構造データ

27177

8d48

EMDB-27177, PDB-8d48:
sd1.040 Fab in complex with SARS-CoV-2 Spike 2P glycoprotein
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

PDB-8d47:
fp.006 Fab in complex with SARS-CoV-2 Fusion Peptide
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2 Å

化合物

ChemComp-PEG:
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル

ChemComp-EDO:
1,2-ETHANEDIOL / エチレングリコ-ル

ChemComp-PO4:
PHOSPHATE ION / ホスファ-ト

ChemComp-HOH:
WATER

由来
  • severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードANTIVIRAL PROTEIN / antibody / fusion peptide / TMPRSS2 binding site / complex / SD1 / SARS-CoV-2

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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