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タイトルNanomolar inhibition of SARS-CoV-2 infection by an unmodified peptide targeting the prehairpin intermediate of the spike protein.
ジャーナル・号・ページProc Natl Acad Sci U S A, Vol. 119, Issue 40, Page e2210990119, Year 2022
掲載日2022年10月4日
著者Kailu Yang / Chuchu Wang / Alex J B Kreutzberger / Ravi Ojha / Suvi Kuivanen / Sergio Couoh-Cardel / Serena Muratcioglu / Timothy J Eisen / K Ian White / Richard G Held / Subu Subramanian / Kendra Marcus / Richard A Pfuetzner / Luis Esquivies / Catherine A Doyle / John Kuriyan / Olli Vapalahti / Giuseppe Balistreri / Tom Kirchhausen / Axel T Brunger /
PubMed 要旨Variants of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) challenge currently available coronavirus disease 2019 vaccines and monoclonal antibody therapies through epitope change on ...Variants of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) challenge currently available coronavirus disease 2019 vaccines and monoclonal antibody therapies through epitope change on the receptor binding domain of the viral spike glycoprotein. Hence, there is a specific urgent need for alternative antivirals that target processes less likely to be affected by mutation, such as the membrane fusion step of viral entry into the host cell. One such antiviral class includes peptide inhibitors, which block formation of the so-called heptad repeat 1 and 2 (HR1HR2) six-helix bundle of the SARS-CoV-2 spike (S) protein and thus interfere with viral membrane fusion. We performed structural studies of the HR1HR2 bundle, revealing an extended, well-folded N-terminal region of HR2 that interacts with the HR1 triple helix. Based on this structure, we designed an extended HR2 peptide that achieves single-digit nanomolar inhibition of SARS-CoV-2 in cell-based and virus-based assays without the need for modifications such as lipidation or chemical stapling. The peptide also strongly inhibits all major SARS-CoV-2 variants to date. This extended peptide is ∼100-fold more potent than all previously published short, unmodified HR2 peptides, and it has a very long inhibition lifetime after washout in virus infection assays, suggesting that it targets a prehairpin intermediate of the SARS-CoV-2 S protein. Together, these results suggest that regions outside the HR2 helical region may offer new opportunities for potent peptide-derived therapeutics for SARS-CoV-2 and its variants, and even more distantly related viruses, and provide further support for the prehairpin intermediate of the S protein.
リンクProc Natl Acad Sci U S A / PubMed:36122200 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.22 Å
構造データ

27098

8czi

EMDB-27098, PDB-8czi:
Cryo-EM structure of the SARS-CoV-2 HR1HR2 fusion core complex with extended HR2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.22 Å

由来
  • severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
  • nostoc punctiforme (strain atcc 29133 / pcc 73102) (バクテリア)
キーワードVIRAL PROTEIN / spike / HR1HR2 / fusion / scaffold

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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