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タイトルSuperimmunity by pan-sarbecovirus nanobodies.
ジャーナル・号・ページCell Rep, Vol. 39, Issue 13, Page 111004, Year 2022
掲載日2022年6月28日
著者Yufei Xiang / Wei Huang / Hejun Liu / Zhe Sang / Sham Nambulli / Jérôme Tubiana / Kevin L Williams / W Paul Duprex / Dina Schneidman-Duhovny / Ian A Wilson / Derek J Taylor / Yi Shi /
PubMed 要旨Vaccine boosters and infection can facilitate the development of SARS-CoV-2 antibodies with improved potency and breadth. Here, we observe superimmunity in a camelid extensively immunized with the ...Vaccine boosters and infection can facilitate the development of SARS-CoV-2 antibodies with improved potency and breadth. Here, we observe superimmunity in a camelid extensively immunized with the SARS-CoV-2 receptor-binding domain (RBD). We rapidly isolate a large repertoire of specific ultra-high-affinity nanobodies that bind strongly to all known sarbecovirus clades using integrative proteomics. These pan-sarbecovirus nanobodies (psNbs) are highly effective against SARS-CoV and SARS-CoV-2 variants, including Omicron, with the best median neutralization potency at single-digit nanograms per milliliter. A highly potent, inhalable, and bispecific psNb (PiN-31) is also developed. Structural determinations of 13 psNbs with the SARS-CoV-2 spike or RBD reveal five epitope classes, providing insights into the mechanisms and evolution of their broad activities. The highly evolved psNbs target small, flat, and flexible epitopes that contain over 75% of conserved RBD surface residues. Their potencies are strongly and negatively correlated with the distance of the epitopes from the receptor binding sites.
リンクCell Rep / PubMed:35738279 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / X線回折
解像度1.71 - 3.6 Å
構造データ

EMDB-27061, PDB-8cxn:
SARS-CoV-2 Spike protein in complex with a pan-sarbecovirus nanobody 2-57
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

EMDB-27067, PDB-8cxq:
SARS-CoV-2 Spike protein in complex with a pan-sarbecovirus nanobody 1-22
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.3 Å

EMDB-27068, PDB-8cy6:
SARS-CoV-2 Spike protein in complex with a pan-sarbecovirus nanobody 2-65
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

EMDB-27069, PDB-8cy7:
SARS-CoV-2 Spike protein in complex with a pan-sarbecovirus nanobody 2-34
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

EMDB-27071, PDB-8cy9:
SARS-CoV-2 Spike protein in complex with a pan-sarbecovirus nanobody 1-23
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

EMDB-27072, PDB-8cya:
SARS-CoV-2 Spike protein in complex with a pan-sarbecovirus nanobody 2-67
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.7 Å

EMDB-27073, PDB-8cyb:
SARS-CoV-2 Spike protein in complex with a pan-sarbecovirus nanobody 1-8
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.7 Å

EMDB-27074, PDB-8cyc:
SARS-CoV-2 Spike protein in complex with a pan-sarbecovirus nanobody 2-34
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

EMDB-27075, PDB-8cyd:
SARS-CoV-2 Spike protein in complex with a pan-sarbecovirus nanobody 2-45
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.6 Å

EMDB-27080, PDB-8cyj:
RBD of SARS-CoV-2 Spike protein in complex with pan-sarbecovirus nanobodies 2-10, 2-67, 2-62 and 1-25
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

PDB-8cwu:
Crystal structure of SARS-CoV-2 spike protein receptor-binding domain in complex with a cross-neutralizing nanobody 1-21
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.71 Å

PDB-8cwv:
Crystal structure of SARS-CoV-2 spike protein receptor-binding domain in complex with a cross-neutralizing nanobody 2-31 and a human antibody CC12.1 Fab
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.51 Å

化合物

ChemComp-HOH:
WATER

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

ChemComp-AH2:
1-deoxy-alpha-D-mannopyranose / 1,5-アンヒドロ-D-マンニト-ル

由来
  • lama glama (ラマ)
  • severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードIMMUNE SYSTEM / cross-neutralizing antibody; nanobody; SARS-CoV-2; Sarbecovirus; IMMUNE SYSTEM; VHH / cross-neutralizing antibody; nanobody; SARS-CoV-2; Sarbecovirus; IMMUNE SYSTEM; VHH; CC12.1 / VIRAL PROTEIN / SARS-CoV-2 / Spike protein / nanobody / broad binding

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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