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タイトルMolecular basis for recognition and deubiquitination of 40S ribosomes by Otu2.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 14, Issue 1, Page 2730, Year 2023
掲載日2023年5月12日
著者Ken Ikeuchi / Nives Ivic / Robert Buschauer / Jingdong Cheng / Thomas Fröhlich / Yoshitaka Matsuo / Otto Berninghausen / Toshifumi Inada / Thomas Becker / Roland Beckmann /
PubMed 要旨In actively translating 80S ribosomes the ribosomal protein eS7 of the 40S subunit is monoubiquitinated by the E3 ligase Not4 and deubiquitinated by Otu2 upon ribosomal subunit recycling. Despite its ...In actively translating 80S ribosomes the ribosomal protein eS7 of the 40S subunit is monoubiquitinated by the E3 ligase Not4 and deubiquitinated by Otu2 upon ribosomal subunit recycling. Despite its importance for translation efficiency the exact role and structural basis for this translational reset is poorly understood. Here, structural analysis by cryo-electron microscopy of native and reconstituted Otu2-bound ribosomal complexes reveals that Otu2 engages 40S subunits mainly between ribosome recycling and initiation stages. Otu2 binds to several sites on the intersubunit surface of the 40S that are not occupied by any other 40S-binding factors. This binding mode explains the discrimination against 80S ribosomes via the largely helical N-terminal domain of Otu2 as well as the specificity for mono-ubiquitinated eS7 on 40S. Collectively, this study reveals mechanistic insights into the Otu2-driven deubiquitination steps for translational reset during ribosome recycling/(re)initiation.
リンクNat Commun / PubMed:37169754 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.9 - 3.8 Å
構造データ

16470

8c83

EMDB-16470: Cryo-EM structure of in vitro reconstituted Otu2-bound Ub-40S complex - body 1
PDB-8c83: Cryo-EM structure of in vitro reconstituted Otu2-bound Ub-40S complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

EMDB-16471: in vitro reconstituted yeast 40S ribosome complex with deubiquitinating enzyme Otu2 bound to ubiquitinated eS7 - body 2 (40S head)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

16525

8cah

EMDB-16525, PDB-8cah:
Cryo-EM structure of native Otu2-bound ubiquitinated 43S pre-initiation complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

16533

8cas

EMDB-16533, PDB-8cas:
Cryo-EM structure of native Otu2-bound ubiquitinated 48S initiation complex (partial)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

16541

8cbj

EMDB-16541: Yeast cytoplasmic pre-40S ribosome biogenesis complex with deubiquitinating enzyme Otu2
PDB-8cbj: Cryo-EM structure of Otu2-bound cytoplasmic pre-40S ribosome biogenesis complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

EMDB-16542: Local refinement map of Otu2 N-terminal domain bound to yeast 40S ribosome
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

EMDB-16548: Local refinement map of Otu2 C-terminal domain bound to ubiquitinated eS7 on yeast 40S ribosome
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

化合物

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-SF4:
IRON/SULFUR CLUSTER

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

ChemComp-MET:
METHIONINE / メチオニン

ChemComp-GCP:
PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER / グアニリルメチレンジホスホン酸 / GMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

由来
  • saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
  • baker's yeast (パン酵母)
  • saccharomyces cerevisiae w303 (パン酵母)
キーワードRIBOSOME / 40S / Ubiquitin / Deubiquitinating enzyme / Otu2 / Rps7 / Translation / Initiation / Complex / Biogenesis

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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