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タイトルDesign principles for cyclin K molecular glue degraders.
ジャーナル・号・ページNat. Chem. Biol., Vol. 20, Page 93-102, Year 2024
掲載日2022年11月30日 (構造データの登録日)
著者Kozicka, Z. / Suchyta, D.J. / Focht, V. / Kempf, G. / Petzold, G. / Jentzsch, M. / Zou, C. / Di Genua, C. / Donovan, K.A. / Coomar, S. ...Kozicka, Z. / Suchyta, D.J. / Focht, V. / Kempf, G. / Petzold, G. / Jentzsch, M. / Zou, C. / Di Genua, C. / Donovan, K.A. / Coomar, S. / Cigler, M. / Mayor-Ruiz, C. / Schmid-Burgk, J.L. / Haussinger, D. / Winter, G.E. / Fischer, E.S. / Slabicki, M. / Gillingham, D. / Ebert, B.L. / Thoma, N.H.
リンクNat. Chem. Biol. / PubMed:37679459
手法X線回折
解像度2.98 - 3.85 Å
構造データ

PDB-8bu1:
Structure of DDB1 bound to DS17-engaged CDK12-cyclin K
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.98 Å

PDB-8bu2:
Structure of DDB1 bound to DS18-engaged CDK12-cyclin K
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.13 Å

PDB-8bu3:
Structure of DDB1 bound to DS19-engaged CDK12-cyclin K
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.42 Å

PDB-8bu4:
Structure of DDB1 bound to DS22-engaged CDK12-cyclin K
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.09 Å

PDB-8bu5:
Structure of DDB1 bound to SR-4835-engaged CDK12-cyclin K
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.134 Å

PDB-8bu6:
Structure of DDB1 bound to DS55-engaged CDK12-cyclin K
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.45 Å

PDB-8bu7:
Structure of DDB1 bound to 21195-engaged CDK12-cyclin K
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.245 Å

PDB-8bu9:
Structure of DDB1 bound to roscovitine-engaged CDK12-cyclin K
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.51 Å

PDB-8bua:
Structure of DDB1 bound to 919278-engaged CDK12-cyclin K
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.193 Å

PDB-8bub:
Structure of DDB1 bound to dCeMM4-engaged CDK12-cyclin K
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.42 Å

PDB-8buc:
Structure of DDB1 bound to dCeMM3-engaged CDK12-cyclin K
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.85 Å

PDB-8bud:
Structure of DDB1 bound to Z7-engaged CDK12-cyclin K
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.2 Å

PDB-8bue:
Structure of DDB1 bound to Z11-engaged CDK12-cyclin K
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.25 Å

PDB-8buf:
Structure of DDB1 bound to Z12-engaged CDK12-cyclin K
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.3 Å

PDB-8bug:
Structure of DDB1 bound to HQ461-engaged CDK12-cyclin K
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.53 Å

PDB-8buh:
Structure of DDB1 bound to WX3-engaged CDK12-cyclin K
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.79 Å

PDB-8bui:
Structure of DDB1 bound to DRF-053-engaged CDK12-cyclin K
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.5 Å

PDB-8buj:
Structure of DDB1 bound to DS06-engaged CDK12-cyclin K
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.62 Å

PDB-8buk:
Structure of DDB1 bound to DS08-engaged CDK12-cyclin K
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.41 Å

PDB-8bul:
Structure of DDB1 bound to DS11-engaged CDK12-cyclin K
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.4 Å

PDB-8bum:
Structure of DDB1 bound to DS15-engaged CDK12-cyclin K
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.36 Å

PDB-8bun:
Structure of DDB1 bound to DS16-engaged CDK12-cyclin K
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.08 Å

PDB-8buo:
Structure of DDB1 bound to DS24-engaged CDK12-cyclin K
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.58 Å

PDB-8bup:
Structure of DDB1 bound to DS30-engaged CDK12-cyclin K
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.41 Å

PDB-8buq:
Structure of DDB1 bound to DS43-engaged CDK12-cyclin K
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.2 Å

PDB-8bur:
Structure of DDB1 bound to DS50-engaged CDK12-cyclin K
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.64 Å

PDB-8bus:
Structure of DDB1 bound to DS59-engaged CDK12-cyclin K
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.26 Å

PDB-8but:
Structure of DDB1 bound to DS61-engaged CDK12-cyclin K
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.25 Å

化合物

ChemComp-GOL:
GLYCEROL / グリセロ-ル

ChemComp-RQL:
(2~{R})-2-[[6-[[5,6-bis(chloranyl)-1~{H}-benzimidazol-2-yl]methylamino]-9-(1-methylpyrazol-4-yl)purin-2-yl]amino]butan-1-ol

ChemComp-SO4:
SULFATE ION / 硫酸ジアニオン

ChemComp-RVQ:
~{N}-[[5,6-bis(chloranyl)-1~{H}-benzimidazol-2-yl]methyl]-2-morpholin-4-yl-9-propan-2-yl-purin-6-amine

ChemComp-EDO:
1,2-ETHANEDIOL / エチレングリコ-ル

ChemComp-RSI:
2-morpholin-4-yl-9-propan-2-yl-~{N}-[(4-pyridin-2-ylphenyl)methyl]purin-6-amine

ChemComp-RMF:
~{N}-[[5,6-bis(chloranyl)-1~{H}-benzimidazol-2-yl]methyl]-9-(1-methylpyrazol-4-yl)-2-morpholin-4-yl-purin-6-amine

ChemComp-CIT:
CITRIC ACID / クエン酸

ChemComp-RQE:
~{N}-(1~{H}-benzimidazol-2-ylmethyl)-9-(1-methylpyrazol-4-yl)-2-morpholin-4-yl-purin-6-amine

ChemComp-RS5:
1-[2,6-bis(chloranyl)phenyl]-6-[[4-(2-hydroxyethyloxy)phenyl]methyl]-3-propan-2-yl-5H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-4-one

ChemComp-RRC:
R-ROSCOVITINE / ロスコビチン / 阻害剤*YM

ChemComp-RVH:
(2~{R})-~{N}-(1~{H}-benzimidazol-2-yl)-2-(3-oxidanylidene-1~{H}-isoindol-2-yl)propanamide

ChemComp-RNU:
~{N}-(5-methyl-2,3-dihydro-1,3-thiazol-2-yl)-3-(5-methylfuran-2-yl)carbonyl-1,3-thiazolidine-4-carboxamide

ChemComp-RKO:
2-(1~{H}-benzimidazol-2-ylsulfanyl)-~{N}-(5-chloranylpyridin-2-yl)ethanamide

ChemComp-RP9:
~{N}-(5-bromanylpyridin-2-yl)-3-(4-oxidanylidenequinazolin-3-yl)propanamide

ChemComp-RVU:
~{N}-(1~{H}-benzimidazol-2-yl)-1-(2-methoxy-5-methyl-phenyl)-5-oxidanylidene-pyrrolidine-3-carboxamide

ChemComp-RW6:
2-(6,7-dihydro-4~{H}-thieno[3,2-c]pyridin-5-ylmethyl)-6,7-dimethoxy-3~{H}-quinazolin-4-one

ChemComp-RPW:
2-[2-[(6-methylpyridin-2-yl)amino]-1,3-thiazol-4-yl]-~{N}-(5-methyl-1,3-thiazol-2-yl)ethanamide

ChemComp-RR9:
6-[[[2-[[(2~{R})-1-oxidanylbutan-2-yl]amino]-9-propan-2-yl-purin-6-yl]amino]methyl]-3-pyridin-2-yl-1~{H}-pyridin-2-one

ChemComp-RV6:
(2~{R})-2-[[9-propan-2-yl-6-[(4-pyridin-2-ylphenyl)amino]purin-2-yl]amino]butan-1-ol

ChemComp-RUW:
(2~{R})-2-[[6-(octylamino)-9-propan-2-yl-purin-2-yl]amino]butan-1-ol

ChemComp-RWE:
(2~{R})-2-[[6-(naphthalen-2-ylmethylamino)-9-propan-2-yl-purin-2-yl]amino]butan-1-ol

ChemComp-RSU:
(2~{R})-2-[[6-(3-phenylpropylamino)-9-propan-2-yl-purin-2-yl]amino]butan-1-ol

ChemComp-T6X:
(2R)-2-[[6-(5-naphthalen-1-ylpentylamino)-9-propan-2-yl-purin-2-yl]amino]butan-1-ol

ChemComp-RNF:
(2~{R})-2-[[6-[(4-phenylphenyl)methylamino]-9-propan-2-yl-purin-2-yl]amino]butan-1-ol

ChemComp-RLC:
(2~{R})-2-[[6-[(3-fluoranyl-4-pyridin-2-yl-phenyl)methylamino]-9-propan-2-yl-purin-2-yl]amino]butan-1-ol

ChemComp-RWN:
(2~{R})-2-[[6-[3-(3-methylphenyl)propylamino]-9-propan-2-yl-purin-2-yl]amino]butan-1-ol

ChemComp-RQ9:
(2~{R})-2-[[6-[[1-(3-chlorophenyl)pyrazol-3-yl]methylamino]-9-propan-2-yl-purin-2-yl]amino]butan-1-ol

ChemComp-RQU:
~{N}-[2-(2-methoxyphenyl)ethyl]-2-[[9-propan-2-yl-6-[(4-pyridin-2-ylphenyl)methylamino]purin-2-yl]amino]ethanamide

ChemComp-RMX:
1,3-dimethyl-5-[[[9-propan-2-yl-6-[(4-pyridin-2-ylphenyl)methylamino]purin-2-yl]amino]methyl]pyrazole-4-sulfonamide

ChemComp-RQ5:
2-[[6-[[4-(2-hydroxyethyloxy)phenyl]methylamino]-9-propan-2-yl-purin-2-yl]amino]butan-1-ol

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードLIGASE / kinase / cyclin / ubiquitin / degrader

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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